Biofilm image reconstruction for assessing structural parameters.
Biofilm image reconstruction for assessing structural parameters.
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DOI：
10.1002/bit.23060
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发表时间：
2011-06
影响因子：
3.8
通讯作者：
Beyenal, Haluk
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Renslow, Ryan;Lewandowski, Zbigniew;Beyenal, Haluk
生物膜的结构可以从显微镜图像使用结构参数进行数值量化。这些参数用于生物膜图像分析，以比较生物膜，监测生物膜结构的时间变化，量化抗生素对生物膜结构的影响，并确定环境条件对生物膜结构的影响。通常假设具有相似结构参数值的生物膜将具有相似的结构;然而，该假设从未被测试过。主要目的是测试的假设，即常用的结构参数可以表征生物膜结构之间的差异或相似性。为了实现这一目标，1）开发生物膜图像重建作为用于评估结构参数的新工具，2）测试使用相同起始结构参数的独立重建以查看它们彼此如何不同，3）评估原始图像参数值对重建成功的影响，以及4）评估参数的数量和类型对重建成功的影响。结果发现，两个生物膜的特征在于相同的常用结构参数值可能看起来不同，在原始生物膜图像中的集群的数量和大小影响图像重建的成功，并且，在一般情况下，一小组任意选择的参数可能不会揭示生物膜结构之间的相关差异。
The structure of biofilms can be numerically quantified from microscopy images using structural parameters. These parameters are used in biofilm image analysis to compare biofilms, to monitor temporal variation in biofilm structure, to quantify the effects of antibiotics on biofilm structure and to determine the effects of environmental conditions on biofilm structure. It is often hypothesized that biofilms with similar structural parameter values will have similar structures; however, this hypothesis has never been tested. The main goal was to test the hypothesis that the commonly used structural parameters can characterize the differences or similarities between biofilm structures. To achieve this goal 1) biofilm image reconstruction was developed as a new tool for assessing structural parameters, 2) independent reconstructions using the same starting structural parameters were tested to see how they differed from each other, 3) the effect of the original image parameter values on reconstruction success was evaluated and 4) the effect of the number and type of the parameters on reconstruction success was evaluated. It was found that two biofilms characterized by identical commonly used structural parameter values may look different, that the number and size of clusters in the original biofilm image affect image reconstruction success and that, in general, a small set of arbitrarily selected parameters may not reveal relevant differences between biofilm structures.
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影响因子：
2.2
作者：
Jackson, G;Beyenal, H;Lewandowski, Z
通讯作者：
Lewandowski, Z
影响因子：
64.8
作者：
Mah, TF;Pitts, B;O'Toole, GA
通讯作者：
O'Toole, GA
DOI：
10.13031/2013.8506
发表时间：
2002-03-01
期刊：
TRANSACTIONS OF THE ASAE
影响因子：
--
作者：
Lomander, A;Schreuders, P;Ali, L
通讯作者：
Ali, L
影响因子：
3.8
作者：
Milferstedt, K.;Pos, M-N.;Morgenroth, E.
通讯作者：
Morgenroth, E.
影响因子：
3.8
作者：
Milferstedt, K.;Pons, M. -N.;Morgenroth, E.
通讯作者：
Morgenroth, E.