GenomeMatcher: a graphical user interface for DNA sequence comparison.
GenomeMatcher: a graphical user interface for DNA sequence comparison.
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DOI：
10.1186/1471-2105-9-376
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发表时间：
2008-09-16
影响因子：
3
通讯作者：
Tsuda M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ohtsubo Y;Ikeda-Ohtsubo W;Nagata Y;Tsuda M
可用基因组序列的数量正在增加，需要能够进行高效比较分析的易于使用的软件。我们开发了GenomeMatcher，一个用于Mac OS X的独立软件包。GenomeMatcher执行BLAST和MUMmer，检测到的相似性以二维和平行视图显示，相似性值由颜色表示。任何子区域的选择和重新计算都很容易进行，并允许灵活和深入的分析。此外，注释数据的符号沿视图沿着显示，并且用户可以将基因组差异与注释数据相关联。虽然bl2seq允许亚千兆碱基比较，但三种比对程序bl2seq、MAFFT和ClustalW以及点匹配程序允许单核苷酸水平分辨率的比较分析。GenomeMatcher图像可以保存为PDF和TIFF文件用于演示。作为GenomeMatcher显示颜色相似性的图形能力的例子，我们在伯克霍尔德菌和Vivrio菌株中显示了两种情况，即第二大染色体的核苷酸序列比最大染色体的变化更快。GenomeMatcher是一款高效且易于使用的独立软件，用于对两个序列进行深入的比较分析。GenomeMatcher可用于检测大小从几个到亚千兆碱基的DNA序列中的相似性。
The number of available genome sequences is increasing, and easy-to-use software that enables efficient comparative analysis is needed. We developed GenomeMatcher, a stand-alone software package for Mac OS X. GenomeMatcher executes BLAST and MUMmer, and the detected similarities are displayed in two-dimensional and parallel views with similarity values indicated by color. Selection and re-computation of any subregions is easily performed and allows flexible and in-depth analysis. Furthermore, symbols for annotation data are displayed along the views, and the user can relate the genomic differences with annotation data. While bl2seq allows sub-Giga base comparison, three alignment programs, bl2seq, MAFFT and ClustalW, together with a dotmatch program allow comparative analysis of single-nucleotide level resolution. GenomeMatcher images can be saved as PDF and TIFF files for presentation. As examples of graphical ability of GenomeMatcher to show similarity in colors, we show two cases in Burkholderia and Vivrio strains that the nucleotide sequence of the second largest chromosome changes more rapidly than the largest chromosome. GenomeMatcher is efficient and easy-to-use stand-alone software for in-depth comparative analysis of two sequences. GenomeMatcher is useful for detecting similarities in DNA sequences ranging in size from a few to sub-Giga bases.
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