Genome characterisation of two Ljungan virus isolates from wild bank voles (Myodes glareolus) in Sweden.
Genome characterisation of two Ljungan virus isolates from wild bank voles (Myodes glareolus) in Sweden.
复制标题
从瑞典野生银行田鼠 (Myodes glareolus) 中分离出的两种 Ljungan 病毒的基因组特征。
DOI：
10.1016/j.meegid.2015.09.010
复制
发表时间：
2015
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Pounder KC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pounder KC
永干病毒(LJungan Virus，LV)是一种疑似人畜共患病原体，与瑞典的人类疾病有关。LV是一种具有正向基因组的单链RNA病毒。已公布的五株永干病毒毒株，三株来自瑞典，两株来自美国，并被归类为四种基因类型。本文描述的另外两个菌株是从1994年在瑞典瓦斯特曼兰兹县捕获的野生银行田鼠(Myodes Glreolus)中分离到的。在GS454flx平台上使用下一代焦磷酸测序技术对这些菌株进行测序。对获得的基因组进行了遗传和系统发育分析，证实了分离株LV340和LV342与LV145SL是基因2的两个新成员，核苷酸同源性分别为92%和99%。在整个基因组中，只有两个密码子位点被鉴定为正在进行正选择，这两个密码子都位于VP3结构区，在主要抗原点内或附近。虽然这两个毒株不构成新的基因类型，但它们提供了证据，尽管支持力度较弱，这表明永干病毒的进化相对缓慢，这是不同于其他小核糖核酸病毒的特征。对于永干病毒株，特别是来自不同地点或宿主的毒株，迫切需要更多的基因组序列，以充分了解这种潜在的人畜共患病病毒的进化和流行病学特性。
Ljungan virus (LV) (family Picornaviridae, genus Parechovirus) is a suspected zoonotic pathogen with associations to human disease in Sweden. LV is a single-stranded RNA virus with a positive sense genome. There are five published Ljungan virus strains, three isolated from Sweden and two from America, and are classified into four genotypes. A further two strains described here were isolated from wild bank voles (Myodes glareolus) caught in Västmanlands county, Sweden in 1994. These strains were sequenced using next generation pyrosequencing technology on the GS454flx platform. Genetic and phylogenetic analysis of the obtained genomes confirms isolates LV340 and LV342 as two new putative members of genotype 2 along with LV145SL, with 92% and 99% nucleotide identities respectively. Only two codon sites throughout the entire genome were identified as undergoing positive selection, both situated within the VP3 structural region, in or near to major antigenic sites. Whilst these two strains do not constitute new genotypes they provide evidence, though weakly supported, which suggests the evolution of Ljungan viruses to be relatively slow, a characteristic unlike other picornaviruses. Additional genomic sequences are urgently required for Ljungan virus strains, particularly from different locations or hosts, to fully understand the evolutionary and epidemiological properties of this potentially zoonotic virus.
登录
查看更多内容
影响因子：
5.4
作者：
Rieder, E;Paul, AV;Wimmer, E
通讯作者：
Wimmer, E
永干病毒：一种新出现的人畜共患病？
影响因子：
--
作者：
A. McDonald
通讯作者：
A. McDonald
婴儿猝死综合症和永安病毒
DOI：
10.1007/s12024-009-9086-8
发表时间：
2009
期刊：
Forensic Science, Medicine, and Pathology
影响因子：
--
作者：
B. Niklasson;P. Almqvist;B. Hörnfeldt;W. Klitz
通讯作者：
W. Klitz
影响因子：
3.7
作者：
Niklasson, B;Kinnunen, L;Winberg, G
通讯作者：
Winberg, G
DOI：
10.1002/bdra.20568
发表时间：
2009-06-01
影响因子：
--
作者：
Niklasson, Bo;Samsioe, Annika;Klitz, William
通讯作者：
Klitz, William