Human factor Xa bound amidine inhibitor conformation by double rotational-echo double resonance nuclear magnetic resonance and molecular dynamics simulations.
Human factor Xa bound amidine inhibitor conformation by double rotational-echo double resonance nuclear magnetic resonance and molecular dynamics simulations.
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通过双旋转回波双共振核磁共振和分子动力学模拟人因子 Xa 结合脒抑制剂构象。
DOI：
10.1021/jm0202324
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发表时间：
2003
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Schaefer,Jacob
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
McDowell,LyndaM;McCarrick,MargaretA;Studelska,DanielR;O'Connor,RobertD;Light,DavidR;Guilford,WilliamJ;Arnaiz,Damian;Adler,Marc;Dallas,JerryL;Poliks,Barbara;Schaefer,Jacob
双旋转回波双共振（双REDOR）NMR用于研究与人因子Xa结合的13 C-、15 N-和19 F-标记抑制剂（Berlex Biosciences化合物编号ZK-806299）的构象。构象依赖的碳-氟偶极耦合由13 C {19 F} REDOR测量。用13 C {15 N} REDOR去除全回波光谱中的天然丰度碳信号。主要和次要的结合模式建议的NMR数据，但只有前者有足够的信号噪声的距离测定。由双REDOR确定的分子内13 C − 19 F距离限制的分子动力学模拟揭示了与NMR数据一致的主导结合模式的两种模型。我们得出结论，ZK-806299与两种FXa的结合相似。此外，它似乎以先前对ZK-807834（一种更有选择性的FXa抑制剂）证明的方式结合FXa。
Double rotational-echo double resonance (double REDOR) NMR was used to investigate the conformation of a13C-,15N-, and19F-labeled inhibitor (Berlex Biosciences compound no. ZK-806299) bound to human factor Xa. Conformationally dependent carbon−fluorine dipolar couplings were measured by13C{19F} REDOR. Natural abundance carbon signals in the full-echo spectra were removed by13C{15N} REDOR. Major and minor binding modes were suggested by the NMR data, but only the former had adequate signal to noise for distance determinations. Molecular dynamics simulations restrained by double-REDOR-determined intramolecular13C−19F distances revealed two models for the dominant binding mode that are consistent with the NMR data. We conclude that ZK-806299 binds similarly to both FXa. Moreover, it appears to bind to FXa in a fashion previously demonstrated for ZK-807834, a more selective FXa inhibitor.
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