A genome-scale resource for in vivo tag-based protein function exploration in C. elegans.
A genome-scale resource for in vivo tag-based protein function exploration in C. elegans.
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DOI：
10.1016/j.cell.2012.08.001
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发表时间：
2012-08-17
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Hyman AA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sarov M;Murray JI;Schanze K;Pozniakovski A;Niu W;Angermann K;Hasse S;Rupprecht M;Vinis E;Tinney M;Preston E;Zinke A;Enst S;Teichgraber T;Janette J;Reis K;Janosch S;Schloissnig S;Ejsmont RK;Slightam C;Xu X;Kim SK;Reinke V;Stewart AF;Snyder M;Waterston RH;Hyman AA
了解蛋白质定位及其物理相互作用的体内动力学对生物学中的许多问题都很重要。为了在多细胞背景下实现系统的蛋白质功能询问，我们建立了一个基因组规模的转基因平台，用于在内源性顺式调控下在秀丽隐杆线虫中体内表达荧光和亲和标记蛋白。该平台结合了计算机辅助转基因设计，大规模并行DNA工程和下一代测序，以产生14637个基因组DNA转基因的资源，覆盖了73%的蛋白质组。所使用的多用途标签允许任何感兴趣的蛋白质在体内定位或使用标准的基于标签的测定进行亲和纯化。我们通过系统的染色质免疫纯化和自动4D成像来说明资源的实用性，这些成像产生了关键转录因子蛋白的详细DNA结合和细胞/组织分布图
Understanding the in vivo dynamics of protein localization and their physical interactions is important for many problems in Biology. To enable systematic protein function interrogation in a multicelluar context, we built a genome-scale transgenic platform for in vivo expression of fluorescent and affinity tagged proteins in Caenorhabditis elegans under endogenous cis regulatory control. The platform combines computer-assisted transgene design, massively parallel DNA engineering and next generation sequencing to generate a resource of 14637 genomic DNA transgenes, which covers 73% of the proteome. The multipurpose tag used allows any protein of interest to be localized in vivo or affinity purified using standard tag-based assays. We illustrate the utility of the resource by systematic chromatin immunopurification and automated 4D imaging, which produced detailed DNA binding and cell/tissue distribution maps for key transcription factor proteins
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