Evolutionary origins of genomic repertoires in bacteria.
Evolutionary origins of genomic repertoires in bacteria.
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DOI：
10.1371/journal.pbio.0030130
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发表时间：
2005-05
期刊：
影响因子：
9.8
通讯作者：
Moran NA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lerat E;Daubin V;Ochman H;Moran NA
解释基因库的多样性一直是现代进化生物学的一个主要问题。在真核生物中，这种多样性被认为主要是由于基因的复制和丢失，但在原核生物中，横向基因转移（LGT）也可以大大有助于基因组内容。为了确定基因库存的历史，我们对广泛采样的γ-变形菌门中的所有基因家族进行了详尽的基因突变分析。我们发现，虽然这些细菌基因组显示显着差异的基因库，大多数基因家族的代表在几个物种有一致的历史。除了少数几个庞大的多基因家族外，基因复制对这些基因组的内容贡献相对较小;相反，随着时间的推移，LGT提供了基因组库的大部分多样性。大多数这样获得的基因都丢失了，但大多数保留在基因组中的基因是严格垂直传播的。虽然我们的分析仅限于γ-变形菌，但这些结果解决了一个长期存在的悖论，即，根据大量的LGT做出强大的系统发育推断的能力。横向基因转移，而不是复制，是负责大多数基因多样性存在于γ-原细菌;然而，这些基因，然后垂直传递，并没有什么影响，基因同源性
Explaining the diversity of gene repertoires has been a major problem in modern evolutionary biology. In eukaryotes, this diversity is believed to result mainly from gene duplication and loss, but in prokaryotes, lateral gene transfer (LGT) can also contribute substantially to genome contents. To determine the histories of gene inventories, we conducted an exhaustive analysis of gene phylogenies for all gene families in a widely sampled group, the γ-Proteobacteria. We show that, although these bacterial genomes display striking differences in gene repertoires, most gene families having representatives in several species have congruent histories. Other than the few vast multigene families, gene duplication has contributed relatively little to the contents of these genomes; instead, LGT, over time, provides most of the diversity in genomic repertoires. Most such acquired genes are lost, but the majority of those that persist in genomes are transmitted strictly vertically. Although our analyses are limited to the γ-Proteobacteria, these results resolve a long-standing paradox—i.e., the ability to make robust phylogenetic inferences in light of substantial LGT. Lateral gene transfer, rather than duplication, is responsible for most gene diversity present in gamma-Protobacteria; however, these genes are then vertically transmitted and have little impact on gene phylogenies
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DOI：
10.1093/bioinformatics/8.3.275
发表时间：
1992-06-01
期刊：
COMPUTER APPLICATIONS IN THE BIOSCIENCES
影响因子：
--
作者：
JONES, DT;TAYLOR, WR;THORNTON, JM
通讯作者：
THORNTON, JM
影响因子：
56.9
作者：
FLEISCHMANN, RD;ADAMS, MD;VENTER, JC
通讯作者：
VENTER, JC
影响因子：
30.8
作者：
Akman, L;Yamashita, A;Aksoy, S
通讯作者：
Aksoy, S
影响因子：
14.9
作者：
Benson, DA;Karsch-Mizrachi, I;Wheeler, DL
通讯作者：
Wheeler, DL
影响因子：
12.3
作者：
Daubin V;Lerat E;Perrière G
通讯作者：
Perrière G