Analytical sensitivity and efficiency comparisons of SARS-CoV-2 RT-qPCR primer-probe sets.
Analytical sensitivity and efficiency comparisons of SARS-CoV-2 RT-qPCR primer-probe sets.
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DOI：
10.1038/s41564-020-0761-6
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发表时间：
2020-10
影响因子：
28.3
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
最近严重急性呼吸综合征冠状病毒2 （SARS-CoV-2）的传播表明，迫切需要准确和快速的诊断分析，以促进临床和公共卫生干预。目前，临床、研究和公共卫生实验室正在使用几种定量逆转录聚合酶链反应（RT-qPCR）测定方法。然而，目前尚不清楚不同测试的结果是否具有可比性。我们的目标是对四种常见的SARS-CoV-2诊断分析中使用的引物-探针集进行独立评估。通过对RT-qPCR分析效率和灵敏度的比较，我们发现所有引物-探针集都可以用于每次反应检测500个病毒RNA拷贝的SARS-CoV-2。唯一的例外是RdRp-SARSr （charit<s:1>）验证引物-探针组，其灵敏度较低，可能是由于在反向引物中与循环的SARS-CoV-2不匹配。我们没有发现covid -19前样本的背景扩增或最近SARS-CoV-2进化降低敏感性的证据。我们对SARS-CoV-2诊断检测的建议是选择一种高灵敏度的检测方法，并在区域内使用，以减轻结果之间的可比性。
The recent spread of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) exemplifies the critical need for accurate and rapid diagnostic assays to prompt clinical and public health interventions. Currently, several quantitative reverse-transcription polymerase chain reaction (RT-qPCR) assays are being used by clinical, research, and public health laboratories. However, it is currently unclear if results from different tests are comparable. Our goal was to make independent evaluations of primer-probe sets used in four common SARS-CoV-2 diagnostic assays. From our comparisons of RT-qPCR analytical efficiency and sensitivity, we show that all primer-probe sets can be used to detect SARS-CoV-2 at 500 viral RNA copies per reaction. The exception for this is the RdRp-SARSr (Charité) confirmatory primer-probe set which has low sensitivity, likely due to a mismatch to circulating SARS-CoV-2 in the reverse primer. We did not find evidence for background amplification with pre-COVID-19 samples or recent SARS-CoV-2 evolution decreasing sensitivity. Our recommendation for SARS-CoV-2 diagnostic testing is to select an assay with high sensitivity and that is regionally used to ease comparability between outcomes.
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影响因子：
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作者：
Gorbalenya, Alexander E.;Baker, Susan C.;Ziebuhr, John
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Ziebuhr, John
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Philippot, L.
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