Nucleosome Organization around Pseudogenes in the Human Genome.
Nucleosome Organization around Pseudogenes in the Human Genome.
复制标题
人类基因组中假基因周围的核小体组织
DOI：
10.1155/2015/821596
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发表时间：
2015
影响因子：
--
通讯作者：
Cai L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Liu G;Feng F;Zhao X;Cai L
假基因是功能基因的失活拷贝，在基因表达和基因组进化中起着微妙的作用。解读假基因在RNA水平调控的第一步是了解它们的转录活性。到目前为止，还没有关于核小体组织在假基因转录中可能作用的报道。在本文中，我们研究了核小体定位对假基因转录的影响。对于转录的假基因，实验测得的核小体占据情况在假基因起始位置的上游区域和假基因终止位置的下游区域都显示出明显的缺失。有趣的是，在未转录的假基因中也观察到了同样的缺失，这是出乎意料的，因为考虑到这些假基因的非转录特性，这些区域的核小体缺失被认为是不必要的。基于序列的核小体占据预测与基于实验数据的分析显示出一致的模式。我们的结果表明，核小体定位可能在假基因的转录起始和终止中都起着重要作用。
Pseudogene, disabled copy of functional gene, plays a subtle role in gene expression and genome evolution. The first step in deciphering RNA-level regulation of pseudogenes is to understand their transcriptional activity. So far, there has been no report on possible roles of nucleosome organization in pseudogene transcription. In this paper, we investigated the effect of nucleosome positioning on pseudogene transcription. For transcribed pseudogenes, the experimental nucleosome occupancy shows a prominent depletion at the regions both upstream of pseudogene start positions and downstream of pseudogene end positions. Intriguingly, the same depletion is also observed for nontranscribed pseudogenes, which is unexpected since nucleosome depletion in those regions is thought to be unnecessary in light of the nontranscriptional property of those pseudogenes. The sequence-dependent prediction of nucleosome occupancy shows a consistent pattern with the experimental data-based analysis. Our results indicate that nucleosome positioning may play important roles in both the transcription initiation and termination of pseudogenes.
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