PIGD: a database for intronless genes in the Poaceae.
PIGD: a database for intronless genes in the Poaceae.
复制标题
PIGD：禾本科无内含子基因数据库
DOI：
10.1186/1471-2164-15-832
复制
发表时间：
2014-10-01
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Cheng B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yan H;Jiang C;Li X;Sheng L;Dong Q;Peng X;Li Q;Zhao Y;Jiang H;Cheng B
无电子基因是原核生物的一个特征；然而，它们在真核生物中分布广泛且不均匀，是研究基因结构进化的重要资源。尽管存在许多关于外显子和内含子的数据库，但目前还没有将植物无内含子基因收集到一个统一的数据库。在这项研究中，我们提出了Poaceae无内含子基因数据库（PIGD），这是一个用户友好的web界面，用于探索来自不同植物的无内含子基因信息。当前发布的PIGD收录了五种禾本科植物：双色高粱、玉米、意大利狗尾草、秋葵和短掌草。从不同的数据库中收集和整合基因注释和序列数据。本研究的主要重点是提供基因描述和基因产物记录。此外，还报道了功能注释、亚细胞定位预测和分类分布。PIGD允许用户方便地浏览、搜索和下载数据。BLAST和比较分析也通过这个在线数据库提供，该数据库可在http://pigd.ahau.edu.cn/上获得。结论pigd为禾科植物无内含子基因的收集、整合和分析提供了坚实的平台。因此，该数据库将对随后的比较基因组学和进化研究中的生物计算分析有用。
BackgroundIntronless genes are a feature of prokaryotes; however, they are widespread and unequally distributed among eukaryotes and represent an important resource to study the evolution of gene architecture. Although many databases on exons and introns exist, there is currently no cohesive database that collects intronless genes in plants into a single database.DescriptionIn this study, we present the Poaceae Intronless Genes Database (PIGD), a user-friendly web interface to explore information on intronless genes from different plants. Five Poaceae species,Sorghum bicolor,Zea mays,Setaria italica,Panicum virgatumandBrachypodium distachyon, are included in the current release of PIGD. Gene annotations and sequence data were collected and integrated from different databases. The primary focus of this study was to provide gene descriptions and gene product records. In addition, functional annotations, subcellular localization prediction and taxonomic distribution are reported. PIGD allows users to readily browse, search and download data. BLAST and comparative analyses are also provided through this online database, which is available at http://pigd.ahau.edu.cn/ .ConclusionPIGD provides a solid platform for the collection, integration and analysis of intronless genes in the Poaceae. As such, this database will be useful for subsequent bio-computational analysis in comparative genomics and evolutionary studies.
登录
查看更多内容
Wolf Psort：蛋白质定位预测因子。
影响因子：
14.9
作者：
Horton, Paul;Park, Keun-Joon;Obayashi, Takeshi;Fujita, Naoya;Harada, Hajime;Adams-Collier, C J;Nakai, Kenta
通讯作者：
Nakai, Kenta
影响因子：
25
作者：
Zhang, XM;Firestein, S
通讯作者：
Firestein, S
影响因子：
3
作者：
Sakharkar MK;Kangueane P
通讯作者：
Kangueane P
影响因子：
14.9
作者：
Lei H;Zhai B;Yin S;Gygi S;Reed R
通讯作者：
Reed R
影响因子：
4.4
作者：
Yang L;Zou M;Fu B;He S
通讯作者：
He S