MEME: discovering and analyzing DNA and protein sequence motifs.
MEME: discovering and analyzing DNA and protein sequence motifs.
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DOI：
10.1093/nar/gkl198
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发表时间：
2006-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Li, Wilfred W.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bailey, Timothy L.;Williams, Nadya;Misleh, Chris;Li, Wilfred W.
MEME（Multiple EM for Motif Elicitation）是在生物序列集合中搜索新“信号”的最广泛使用的工具之一。应用包括发现新的转录因子结合位点和蛋白质结构域。MEME通过搜索用户提供的DNA或蛋白质序列中出现的重复的、无空位的序列模式来工作。用户可以通过国家生物医学计算资源（）和几个镜像站点托管的Web服务器执行MEME搜索。通过同一个网络服务器，用户还可以访问基序比对和搜索工具，搜索序列数据库，以匹配以几种流行格式编码的基序。通过点击MEME输出中的按钮，用户可以将在其输入序列中发现的基序与已知基序的数据库进行比较，搜索序列数据库中与基序匹配的基序，并以各种格式显示基序。本文描述了免费访问的Web服务器及其体系结构，并讨论了如何有效地使用MEME来发现生物序列中的新序列模式并分析其意义。
MEME (Multiple EM for Motif Elicitation) is one of the most widely used tools for searching for novel ‘signals’ in sets of biological sequences. Applications include the discovery of new transcription factor binding sites and protein domains. MEME works by searching for repeated, ungapped sequence patterns that occur in the DNA or protein sequences provided by the user. Users can perform MEME searches via the web server hosted by the National Biomedical Computation Resource () and several mirror sites. Through the same web server, users can also access the Motif Alignment and Search Tool to search sequence databases for matches to motifs encoded in several popular formats. By clicking on buttons in the MEME output, users can compare the motifs discovered in their input sequences with databases of known motifs, search sequence databases for matches to the motifs and display the motifs in various formats. This article describes the freely accessible web server and its architecture, and discusses ways to use MEME effectively to find new sequence patterns in biological sequences and analyze their significance.
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