The outcomes of pathway database computations depend on pathway ontology.
The outcomes of pathway database computations depend on pathway ontology.
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DOI：
10.1093/nar/gkl438
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发表时间：
2006
影响因子：
14.9
通讯作者：
Karp PD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Green ML;Karp PD
不同的生物学途径概念在不同的途径数据库中使用。这些路径本体显著影响路径计算。路径数据库的计算用户将根据其使用的数据库所使用的路径本体获得不同的结果，并且不同的路径本体适用于不同的最终用途。我们通过比较BioCyc和KEGG本体来探索通路本体的差异。BioCyc本体将通路定义为单个生物体代谢网络的保守的原子模块，即通常作为一个单位进行调节，其边界在高连接稳定的代谢物上定义。KEGG途径平均比BioCyc途径大4.2倍，并结合来自不同生物的多个生物过程来产生以底物为中心的反应马赛克。我们使用基因组上下文方法比较了KEGG和BioCyc途径，该方法确定了基因对的功能相关性。对于我们采用的每种方法，从BioCyc途径中随机选择的一对基因比从KEGG途径中随机选择的一对基因更有可能与该方法相关，这支持了BioCyc途径概念化比KEGG更接近单一保守生物过程的结论。
Different biological notions of pathways are used in different pathway databases. Those pathway ontologies significantly impact pathway computations. Computational users of pathway databases will obtain different results depending on the pathway ontology used by the databases they employ, and different pathway ontologies are preferable for different end uses. We explore differences in pathway ontologies by comparing the BioCyc and KEGG ontologies. The BioCyc ontology defines a pathway as a conserved, atomic module of the metabolic network of a single organism, i.e. often regulated as a unit, whose boundaries are defined at high-connectivity stable metabolites. KEGG pathways are on average 4.2 times larger than BioCyc pathways, and combine multiple biological processes from different organisms to produce a substrate-centered reaction mosaic. We compared KEGG and BioCyc pathways using genome context methods, which determine the functional relatedness of pairs of genes. For each method we employed, a pair of genes randomly selected from a BioCyc pathway is more likely to be related by that method than is a pair of genes randomly selected from a KEGG pathway, supporting the conclusion that the BioCyc pathway conceptualization is closer to a single conserved biological process than is that of KEGG.
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