Monitoring SARS-CoV-2 Circulation and Diversity through Community Wastewater Sequencing, the Netherlands and Belgium.
Monitoring SARS-CoV-2 Circulation and Diversity through Community Wastewater Sequencing, the Netherlands and Belgium.
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DOI：
10.3201/eid2705.204410
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发表时间：
2021-05
影响因子：
11.8
通讯作者：
de Graaf M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Izquierdo-Lara R;Elsinga G;Heijnen L;Munnink BBO;Schapendonk CME;Nieuwenhuijse D;Kon M;Lu L;Aarestrup FM;Lycett S;Medema G;Koopmans MPG;de Graaf M
严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）已迅速成为一个主要的全球性健康问题，公共卫生监测是监测和预防病毒传播的关键。基于水的流行病学已被提议作为基于疾病的监测的补充，因为病毒在约40%的感染者的粪便中脱落。我们使用下一代污水样本测序来评估荷兰和比利时社区水平的SARS-CoV-2多样性。系统发育分析揭示了最普遍的分支（19 A，20 A和20 B）和聚类的污水样品与来自同一地区的临床样本的存在。我们区分多个分支在一个单一的污水样品，通过使用低频变异分析。此外，在SARS-CoV-2基因组中检测到几个新的突变。我们的研究结果说明了如何利用废水来调查社区中传播的SARS-CoV-2病毒的多样性，并确定新的疫情。
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has rapidly become a major global health problem, and public health surveillance is crucial to monitor and prevent virus spread. Wastewater-based epidemiology has been proposed as an addition to disease-based surveillance because virus is shed in the feces of ≈40% of infected persons. We used next-generation sequencing of sewage samples to evaluate the diversity of SARS-CoV-2 at the community level in the Netherlands and Belgium. Phylogenetic analysis revealed the presence of the most prevalent clades (19A, 20A, and 20B) and clustering of sewage samples with clinical samples from the same region. We distinguished multiple clades within a single sewage sample by using low-frequency variant analysis. In addition, several novel mutations in the SARS-CoV-2 genome were detected. Our results illustrate how wastewater can be used to investigate the diversity of SARS-CoV-2 viruses circulating in a community and identify new outbreaks.
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影响因子：
33.9
作者：
Patel, Jaymin C.;Diop, Ousmane M.;Snider, Cynthia J.
通讯作者：
Snider, Cynthia J.
影响因子：
56.9
作者：
Lamers, Mart M.;Beumer, Joep;Clevers, Hans
通讯作者：
Clevers, Hans
影响因子：
4.6
作者：
Nieuwenhuijse, David F.;Munnink, Bas B. Oude;Kwenda, Geofrey
通讯作者：
Kwenda, Geofrey
影响因子：
12.8
作者：
Casanova L;Rutala WA;Weber DJ;Sobsey MD
通讯作者：
Sobsey MD
DOI：
10.2807/1560-7917.es.2018.23.7.17-00237
发表时间：
2018-03
期刊：
Euro surveillance : bulletin Europeen sur les maladies transmissibles = European communicable disease bulletin
影响因子：
--
作者：
Bisseux M;Colombet J;Mirand A;Roque-Afonso AM;Abravanel F;Izopet J;Archimbaud C;Peigue-Lafeuille H;Debroas D;Bailly JL;Henquell C
通讯作者：
Henquell C