Association and Genetic Identification of Loci for Four Fruit Traits in Tomato Using InDel Markers.
Association and Genetic Identification of Loci for Four Fruit Traits in Tomato Using InDel Markers.
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使用Indel标记物在番茄中四个水果性状的基因座的关联和遗传鉴定。
DOI：
10.3389/fpls.2017.01269
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发表时间：
2017
影响因子：
5.6
通讯作者：
Yang W
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Liu X;Geng X;Zhang H;Shen H;Yang W
番茄单果重、可溶性固形物含量、果形和果色是影响产量、品质和消费者接受度的重要指标。在这项研究中，一个192加入番茄协会面板包括野生种，樱桃番茄，地方品种，和现代品种的混合物收集世界各地的基因型与547个InDel标记均匀分布在12条染色体上，得分FW，SSC，果形指数（FSI），和颜色参数超过2年，每年三次重复。关联面板被分成两个亚群。连锁不平衡范围为3.0至47.2 Mb的12条染色体。使用混合线性模型，在12条染色体中的11条上鉴定了一组102个标记，这些标记与SSC、FW、果实形状和果实颜色显著相关（p < 1.19-1.30 × 10−4）。并与已知的基因/QTL进行了相关性比较。利用F2群体进行遗传分析，分别检测到14个和4个与SSC和FW显著相关的标记（p < 0.05）。有些位点是关联分析和连锁分析都能检测到的。特别是，在F2群体中还发现了一个位于第4染色体上的新的FW位点。结果表明，利用有限数量的InDel标记和相对较小的群体进行关联作图，不仅可以补充和增强已有的QTL信息，而且可以为番茄果实性状的标记辅助选择提供新的位点。
Tomato (Solanum lycopersicum) fruit weight (FW), soluble solid content (SSC), fruit shape and fruit color are crucial for yield, quality and consumer acceptability. In this study, a 192 accessions tomato association panel comprising a mixture of wild species, cherry tomato, landraces, and modern varieties collected worldwide was genotyped with 547 InDel markers evenly distributed on 12 chromosomes and scored for FW, SSC, fruit shape index (FSI), and color parameters over 2 years with three replications each year. The association panel was sorted into two subpopulations. Linkage disequilibrium ranged from 3.0 to 47.2 Mb across 12 chromosomes. A set of 102 markers significantly (p < 1.19–1.30 × 10−4) associated with SSC, FW, fruit shape, and fruit color was identified on 11 of the 12 chromosomes using a mixed linear model. The associations were compared with the known gene/QTLs for the same traits. Genetic analysis using F2 populations detected 14 and 4 markers significantly (p < 0.05) associated with SSC and FW, respectively. Some loci were commonly detected by both association and linkage analysis. Particularly, one novel locus for FW on chromosome 4 detected by association analysis was also identified in F2 populations. The results demonstrated that association mapping using limited number of InDel markers and a relatively small population could not only complement and enhance previous QTL information, but also identify novel loci for marker-assisted selection of fruit traits in tomato.
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影响因子：
3.3
作者：
Breseghello, F;Sorrells, ME
通讯作者：
Sorrells, ME
影响因子：
5.8
作者：
Bradbury, Peter J.;Zhang, Zhiwu;Buckler, Edward S.
通讯作者：
Buckler, Edward S.
影响因子：
5.4
作者：
Kinkade, Matthew P.;Foolad, Majid R.
通讯作者：
Foolad, Majid R.
DOI：
10.21273/jashs.133.4.579
发表时间：
2008-07-01
影响因子：
1.9
作者：
Darrigues, Audrey;Hall, Jack;Gray, Simon
通讯作者：
Gray, Simon
番茄的基因组变异，从野生祖先到当代育种品种。
影响因子：
4.4
作者：
Blanca J;Montero-Pau J;Sauvage C;Bauchet G;Illa E;Díez MJ;Francis D;Causse M;van der Knaap E;Cañizares J
通讯作者：
Cañizares J