CRAM 3.1: advances in the CRAM file format.
CRAM 3.1: advances in the CRAM file format.
复制标题
DOI：
10.1093/bioinformatics/btac010
复制
发表时间：
2022-03-04
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Bonfield JK
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bonfield JK
CRAM已经确立了自己作为一个高压缩替代BAM文件格式的DNA测序数据。我们描述了更新，以进一步改善这一现代测序仪器。使用Illumina数据，CRAM 3.1比等效的CRAM 3.0文件小7-15%，比相应的BAM文件小50-70%。由于存在高熵信号，长读技术显示出更适度的压缩。CRAM 3.0规范可从https://samtools.github.io/hts-specs/CRAMv3.pdf免费获得。CRAM 3.1的改进可以在https：//github.com/samtools/htscodecs的一个单独的开源HTScodecs库中获得，并且已经被合并到HTSlib中。 补充数据可在Bioinformatics在线获得。
CRAM has established itself as a high compression alternative to the BAM file format for DNA sequencing data. We describe updates to further improve this on modern sequencing instruments. With Illumina data CRAM 3.1 is 7–15% smaller than the equivalent CRAM 3.0 file, and 50–70% smaller than the corresponding BAM file. Long-read technology shows more modest compression due to the presence of high-entropy signals. The CRAM 3.0 specification is freely available from https://samtools.github.io/hts-specs/CRAMv3.pdf. The CRAM 3.1 improvements are available in a separate OpenSource HTScodecs library from https://github.com/samtools/htscodecs, and have been incorporated into HTSlib. Supplementary data are available at Bioinformatics online.
登录
查看更多内容
影响因子：
3.7
作者：
Bonfield JK;Mahoney MV
通讯作者：
Mahoney MV
影响因子：
5.8
作者：
Bonfield, James K.
通讯作者：
Bonfield, James K.
影响因子：
14.9
作者：
Cochrane G;Alako B;Amid C;Bower L;Cerdeño-Tárraga A;Cleland I;Gibson R;Goodgame N;Jang M;Kay S;Leinonen R;Lin X;Lopez R;McWilliam H;Oisel A;Pakseresht N;Pallreddy S;Park Y;Plaister S;Radhakrishnan R;Rivière S;Rossello M;Senf A;Silvester N;Smirnov D;Ten Hoopen P;Toribio A;Vaughan D;Zalunin V
通讯作者：
Zalunin V
影响因子：
9.2
作者：
Danecek P;Bonfield JK;Liddle J;Marshall J;Ohan V;Pollard MO;Whitwham A;Keane T;McCarthy SA;Davies RM;Li H
通讯作者：
Li H
影响因子：
9.8
作者：
Stephens ZD;Lee SY;Faghri F;Campbell RH;Zhai C;Efron MJ;Iyer R;Schatz MC;Sinha S;Robinson GE
通讯作者：
Robinson GE