Poly A- transcripts expressed in HeLa cells.
Poly A- transcripts expressed in HeLa cells.
复制标题
在HeLa细胞中表达的聚A-转录本。
DOI：
10.1371/journal.pone.0002803
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发表时间：
2008-07-30
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Wang, San Ming
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wu, Qingfa;Kim, Yeong C.;Lu, Jian;Xuan, Zhenyu;Chen, Jun;Zheng, Yonglan;Zhou, Tom;Zhang, Michael Q.;Wu, Chung-I;Wang, San Ming
在真核生物中表达的转录本根据3‘聚A尾的存在与否被分为聚A+转录本或聚A-转录本。到目前为止，大多数转录本都是Poly A+转录本，而PolyA-转录本在很大程度上仍不清楚。我们开发了用于转录本鉴定的TRD(总RNA检测)系统。该系统通过以下步骤来检测转录本：1)耗尽丰富的核糖体和小尺寸转录本；2)不考虑3‘聚A尾的状态而合成cDNA；3)应用454测序技术从cDNA中收集大量3’EST；以及4)通过将序列映射到人类基因组参考序列来确定所检测转录本的基因组来源。利用这个系统，我们鉴定了HeLa细胞的细胞质转录本。在分析的13,467个不同的3‘EST中，24%是多聚A-，36%是多聚A+，40%是具有多聚A+特征但没有3’多聚A尾巴的双态EST。大多数聚A-3‘EST与已知的转录序列不匹配；它们在基因组中的分布模式与多A+和双态3’EST相似，其定位的基因间区在进化上是保守的。实验证实了检测到的Poly A转录本的真实性。我们的研究首次提供了真核生物中存在多聚A-转录本的大规模序列证据。Poly A-转录本的丰富性突显了对这些转录本进行全面鉴定的必要性，以解码转录组、注释基因组和研究PolyA-转录本的生物学相关性。
Transcripts expressed in eukaryotes are classified as poly A+ transcripts or poly A- transcripts based on the presence or absence of the 3′ poly A tail. Most transcripts identified so far are poly A+ transcripts, whereas the poly A- transcripts remain largely unknown. We developed the TRD (Total RNA Detection) system for transcript identification. The system detects the transcripts through the following steps: 1) depleting the abundant ribosomal and small-size transcripts; 2) synthesizing cDNA without regard to the status of the 3′ poly A tail; 3) applying the 454 sequencing technology for massive 3′ EST collection from the cDNA; and 4) determining the genome origins of the detected transcripts by mapping the sequences to the human genome reference sequences. Using this system, we characterized the cytoplasmic transcripts from HeLa cells. Of the 13,467 distinct 3′ ESTs analyzed, 24% are poly A-, 36% are poly A+, and 40% are bimorphic with poly A+ features but without the 3′ poly A tail. Most of the poly A- 3′ ESTs do not match known transcript sequences; they have a similar distribution pattern in the genome as the poly A+ and bimorphic 3′ ESTs, and their mapped intergenic regions are evolutionarily conserved. Experiments confirmed the authenticity of the detected poly A- transcripts. Our study provides the first large-scale sequence evidence for the presence of poly A- transcripts in eukaryotes. The abundance of the poly A- transcripts highlights the need for comprehensive identification of these transcripts for decoding the transcriptome, annotating the genome and studying biological relevance of the poly A- transcripts.
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