Short open reading frame genes in innate immunity: from discovery to characterization.
Short open reading frame genes in innate immunity: from discovery to characterization.
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DOI：
10.1016/j.it.2022.07.005
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发表时间：
2022-09
影响因子：
16.8
通讯作者：
Carpenter, Susan
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Malekos, Eric;Carpenter, Susan
下一代测序（NGS）技术极大地扩展了已知转录组的大小。许多新发现的转录物被归类为长链非编码RNA（lncRNA），尽管它们中的绝大多数含有短的开放阅读框（sORF），但它们被认为是通过序列和结构而不是通过翻译的蛋白质产物来影响表型。最近的进展表明，非编码命名在许多情况下是不正确的，从这些转录本翻译的sORF编码肽（SEP）是不同生物过程的重要贡献者。对SEPs的兴趣还处于早期阶段，有证据表明存在数千种尚未研究的SEPs。我们希望激起兴趣，在调查这一未开发的蛋白质组提供讨论SEP表征一般和描述先天免疫的具体发现。
Next-generation sequencing (NGS) technologies have greatly expanded the size of the known transcriptome. Many newly discovered transcripts are classified as long noncoding RNAs (lncRNAs) which are assumed to affect phenotype through sequence and structure and not via translated protein products despite the vast majority of them harboring short open reading frames (sORFs). Recent advances have demonstrated that the noncoding designation is incorrect in many cases and that sORF-encoded peptides (SEPs) translated from these transcripts are important contributors to diverse biological processes. Interest in SEPs is at an early stage and there is evidence for the existence of thousands of SEPs that are yet unstudied. We hope to pique interest in investigating this unexplored proteome by providing a discussion of SEP characterization generally and describing specific discoveries in innate immunity.
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影响因子：
4.4
作者：
Cloutier, Philippe;Poitras, Christian;Coulombe, Benoit
通讯作者：
Coulombe, Benoit
影响因子：
14.9
作者：
Blum M;Chang HY;Chuguransky S;Grego T;Kandasaamy S;Mitchell A;Nuka G;Paysan-Lafosse T;Qureshi M;Raj S;Richardson L;Salazar GA;Williams L;Bork P;Bridge A;Gough J;Haft DH;Letunic I;Marchler-Bauer A;Mi H;Natale DA;Necci M;Orengo CA;Pandurangan AP;Rivoire C;Sigrist CJA;Sillitoe I;Thanki N;Thomas PD;Tosatto SCE;Wu CH;Bateman A;Finn RD
通讯作者：
Finn RD
DOI：
10.1016/j.bbrc.2014.02.041
发表时间：
2014-03-21
影响因子：
3.1
作者：
Catherman, Adam D.;Skinner, Owen S.;Kelleher, Neil L.
通讯作者：
Kelleher, Neil L.
影响因子：
3.2
作者：
Ahrens CH;Wade JT;Champion MM;Langer JD
通讯作者：
Langer JD
DOI：
10.1038/nrm4069
发表时间：
2015-11
期刊：
Nature reviews. Molecular cell biology
影响因子：
--
作者：
Brar GA;Weissman JS
通讯作者：
Weissman JS