Genome and transcriptome assemblies of the kuruma shrimp, Marsupenaeus japonicus.
Genome and transcriptome assemblies of the kuruma shrimp, Marsupenaeus japonicus.
复制标题
日本囊对虾的基因组和转录组组装。
DOI：
10.1093/g3journal/jkab268
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发表时间：
2021-10-19
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Hirono I
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kawato S;Nishitsuji K;Arimoto A;Hisata K;Kawamitsu M;Nozaki R;Kondo H;Shinzato C;Ohira T;Satoh N;Shoguchi E;Hirono I
虾类（学名：Marsupenaeus）是虾类中的一种，生活在印度洋-太平洋温暖的浅海中，具有重要的经济价值。在这里，使用Illumina和Oxford Nanopore Technologies平台的组合，我们产生了M. DNA序列（1.70 Gbp; 18，210个支架;支架N50 = 234.9 kbp; 34.38%GC，93.4%BUSCO完整性）和完整的线粒体基因组序列（15，969 bp）。与其他对虾基因组一样，M。拟南芥基因组中含有丰富的简单重复序列，占总装配序列的27.4%。共预测了26，381个蛋白质编码基因模型（BUSCO完全性为94.7%），其中18，005个基因（68.2%）被至少一种方法指定了功能描述。我们还产生了基于Illumina的转录组鸟枪组装（40，991个条目; 93.0%BUSCO完整性）和PacBio Iso-Seq转录组组装（25，415个条目; 67.5%BUSCO完整性）。我们设想M.该基因组和转录组组合将为M. - 是的
The kuruma shrimp Marsupenaeus japonicus (order Decapoda, family Penaeidae) is an economically important crustacean that occurs in shallow, warm seas across the Indo-Pacific. Here, using a combination of Illumina and Oxford Nanopore Technologies platforms, we produced a draft genome assembly of M. japonicus (1.70 Gbp; 18,210 scaffolds; scaffold N50 = 234.9 kbp; 34.38% GC, 93.4% BUSCO completeness) and a complete mitochondrial genome sequence (15,969 bp). As with other penaeid shrimp genomes, the M. japonicus genome is extremely rich in simple repeats, which occupies 27.4% of the assembly. A total of 26,381 protein-coding gene models (94.7% BUSCO completeness) were predicted, of which 18,005 genes (68.2%) were assigned functional description by at least one method. We also produced an Illumina-based transcriptome shotgun assembly (40,991 entries; 93.0% BUSCO completeness) and a PacBio Iso-Seq transcriptome assembly (25,415 entries; 67.5% BUSCO completeness). We envision that the M. japonicus genome and transcriptome assemblies will serve as useful resources for the basic research, fisheries management, and breeding programs of M. japonicus.
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