Contrast features of CpG islands in the promoter and other regions in the dog genome.
Contrast features of CpG islands in the promoter and other regions in the dog genome.
复制标题
DOI：
10.1016/j.ygeno.2009.04.007
复制
发表时间：
2009-08
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Zhao, Zhongming
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Han, Leng;Zhao, Zhongming
关键词：
最近公布的家犬基因组为我们提供了一个理想的机会，研究狗的特定基因组特征。在这项研究中，我们进行了系统的分析CpG岛（CGIs），这通常被认为是基因标记，在狗的基因组。相对于人类和小鼠的基因组，狗的基因组具有大量的CGI和高CGI密度，这是由其非编码序列贡献的。令人惊讶的是，狗基因组中与基因启动子区域相关的CGI比人类或小鼠少。对狗-人-小鼠同源基因的功能特征的进一步研究表明，狗可能比人或小鼠经历了更快的启动子相关CGIs侵蚀速率。一些遗传或基因组因素，如局部重组率和核型可能与独特的狗CGI功能。
The recent release of the domestic dog genome provides us with an ideal opportunity to investigate dog-specific genomic features. In this study, we performed a systematic analysis of CpG islands (CGIs), which are often considered gene markers, in the dog genome. Relative to the human and mouse genomes, the dog genome has a remarkably large number of CGIs and high CGI density, which is contributed by its noncoding sequences. Surprisingly, the dog genome has fewer CGIs associated with the promoter regions of genes than the human or the mouse. Further examination of functional features of dog-human-mouse homologous genes suggests that the dog might have undergone a faster erosion rate of promoter-associated CGIs than the human or mouse. Some genetic or genomic factors such as local recombination rate and karyotype may be related to the unique dog CGI features.
登录
查看更多内容
CpG岛密度及其与哺乳动物基因组中基因组特征的相关性。
影响因子：
12.3
作者：
Han L;Su B;Li WH;Zhao Z
通讯作者：
Zhao Z
影响因子：
56.9
作者：
Kirkness, EF;Bafna, V;Venter, JC
通讯作者：
Venter, JC
影响因子：
11.4
作者：
Liao, Ben-Yang;Zhang, Jianzhi
通讯作者：
Zhang, Jianzhi
影响因子：
4.4
作者：
López-Giráldez F;Andrés O;Domingo-Roura X;Bosch M
通讯作者：
Bosch M
影响因子：
10.7
作者：
Cruz, Fernando;Vila, Carles;Webster, Matthew T.
通讯作者：
Webster, Matthew T.