Quantitative RNA-seq analysis of the Campylobacter jejuni transcriptome.
Quantitative RNA-seq analysis of the Campylobacter jejuni transcriptome.
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DOI：
10.1099/mic.0.050278-0
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发表时间：
2011-10
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Grant AJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chaudhuri RR;Yu L;Kanji A;Perkins TT;Gardner PP;Choudhary J;Maskell DJ;Grant AJ
空肠弯曲菌是发达国家食源性疾病最常见的细菌性病因。它的一般生理学和生物化学，以及使其能够在各种宿主中定殖和引起疾病的机制尚未得到很好的理解，需要新的方法来了解其基本生物学。高通量测序技术为功能基因组研究提供了前所未有的机会。最近的研究表明，直接Illumina测序的cDNA（RNA-seq）是一种有用的技术，用于定量和定性检查的转录组。在这项研究中，我们报告了C. jejuni（NCTC 11168）及其rpoN突变体。这使得能够识别迄今为止未知的转录单位，并进一步定义了依赖于rpoN表达的调节子。NCTC 11168转录组的分析得到了使用液相色谱-MS的额外蛋白质组学分析的补充。转录组学和蛋白质组学数据集代表了弯曲杆菌研究界的重要资源。
Campylobacter jejuni is the most common bacterial cause of foodborne disease in the developed world. Its general physiology and biochemistry, as well as the mechanisms enabling it to colonize and cause disease in various hosts, are not well understood, and new approaches are required to understand its basic biology. High-throughput sequencing technologies provide unprecedented opportunities for functional genomic research. Recent studies have shown that direct Illumina sequencing of cDNA (RNA-seq) is a useful technique for the quantitative and qualitative examination of transcriptomes. In this study we report RNA-seq analyses of the transcriptomes of C. jejuni (NCTC11168) and its rpoN mutant. This has allowed the identification of hitherto unknown transcriptional units, and further defines the regulon that is dependent on rpoN for expression. The analysis of the NCTC11168 transcriptome was supplemented by additional proteomic analysis using liquid chromatography-MS. The transcriptomic and proteomic datasets represent an important resource for the Campylobacter research community.
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影响因子：
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作者：
Christensen JE;Pacheco SA;Konkel ME
通讯作者：
Konkel ME
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作者：
Carver, Tim;Bohme, Ulrike;Otto, Thomas D.;Parkhill, Julian;Berriman, Matthew
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Berriman, Matthew
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