ISbrowser: an extension of ISfinder for visualizing insertion sequences in prokaryotic genomes.
ISbrowser: an extension of ISfinder for visualizing insertion sequences in prokaryotic genomes.
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DOI：
10.1093/nar/gkp947
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发表时间：
2010-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Chandler M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kichenaradja P;Siguier P;Pérochon J;Chandler M
插入序列(ISS)是最小和最简单的自主转座元件之一。ISfinder(http://www-is.biotoul.fr/)是一个专门的IS数据库，它为单个ISS分配名称以保持一致的命名，IS储存库包括来自细菌和古生菌的3,000个单独ISS，并为IS分类提供基础。每一种IS都在ISfinder中用各种相关的信息(完整的核苷酸序列、末端和靶点的序列、潜在的开放阅读框架、起源菌株、在其他菌株中的分布和现有的书目)编入索引，并归入一个组或一个家族，以提供对其系统发育的一些洞察。ISfinder还包括关于ISS和转座子的广泛背景信息。在线工具正在逐渐增加。目前，很难在给定的细菌基因组中可视化ISS的全球分布。这些信息将有助于理解这些小的转座元件对塑造其宿主基因组的影响。在这里，我们描述了ISBrowser(http://www-genome.biotoul.fr/ISbrowser.php)，)，它是ISfinder平台的扩展，是一个允许可视化完整和部分ISS在单个原核生物基因组中的位置、方向和分布的工具。
Insertion sequences (ISs) are among the smallest and simplest autonomous transposable elements. ISfinder (http://www-is.biotoul.fr/) is a dedicated IS database which assigns names to individual ISs to maintain a coherent nomenclature, an IS repository including >3000 individual ISs from both bacteria and archaea and provides a basis for IS classification. Each IS is indexed in ISfinder with various associated pieces of information (the complete nucleotide sequence, the sequence of the ends and target sites, potential open reading frames, strain of origin, distribution in other strains and available bibliography) and classified into a group or family to provide some insight into its phylogeny. ISfinder also includes extensive background information on ISs and transposons in general. Online tools are gradually being added. At present, it is difficult to visualize the global distribution of ISs in a given bacterial genome. Such information would facilitate understanding of the impact of these small transposable elements on shaping their host genome. Here we describe ISbrowser (http://www-genome.biotoul.fr/ISbrowser.php), an extension to the ISfinder platform and a tool which permits visualization of the position, orientation and distribution of complete and partial ISs in individual prokaryotic genomes.
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作者：
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Barton, Geoffrey J.
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Leplae, R;Hebrant, A;Toussaint, A
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作者：
Stothard, P;Wishart, DS
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影响因子：
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Siguier, P.;Perochon, J.;Lestrade, L.;Mahillon, J.;Chandler, M.
通讯作者：
Chandler, M.