Efficient simulation of the spatial transmission dynamics of influenza.
Efficient simulation of the spatial transmission dynamics of influenza.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0013292
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发表时间：
2010-11-04
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Hsu TS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tsai MT;Chern TC;Chuang JH;Hsueh CW;Kuo HS;Liau CJ;Riley S;Shen BJ;Shen CH;Wang DW;Hsu TS
2009 年 H1N1 大流行 (H1N1pdm) 的早期数据表明，之前的研究高估了大流行性流感的国内空间传播率。随着大型空间解析数据集的构建，对有效的模拟代码来调查流行病空间模式的需求变得清晰。在这里，我们提出了先前多项研究中常用的基于个体的随机疾病模拟框架的效率显着提高。我们量化了修订后算法的效率，并根据基本再生数提出了模型的替代参数化。我们将该模型应用于台湾人口，并证明初始种子的位置如何影响空间发病率分布和流行病的整体传播。发生率的差异是由替代种子位置的相对连通性驱动的。执行高效模拟的能力使我们能够运行一批模拟并实时考虑它们的平均值。平均数据是稳定的，可用于区分仅进行几次运行不易看到的传播模式。
Early data from the 2009 H1N1 pandemic (H1N1pdm) suggest that previous studies over-estimated the within-country rate of spatial spread of pandemic influenza. As large spatially resolved data sets are constructed, the need for efficient simulation code with which to investigate the spatial patterns of the pandemic becomes clear. Here, we present a significant improvement to the efficiency of an individual-based stochastic disease simulation framework commonly used in multiple previous studies. We quantify the efficiency of the revised algorithm and present an alternative parameterization of the model in terms of the basic reproductive number. We apply the model to the population of Taiwan and demonstrate how the location of the initial seed can influence spatial incidence profiles and the overall spread of the epidemic. Differences in incidence are driven by the relative connectivity of alternate seed locations. The ability to perform efficient simulation allows us to run a batch of simulations and take account of their average in real time. The averaged data are stable and can be used to differentiate spreading patterns that are not readily seen by only conducting a few runs.
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DOI：
10.1126/science.1177373
发表时间：
2009-10-30
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Yang Y;Sugimoto JD;Halloran ME;Basta NE;Chao DL;Matrajt L;Potter G;Kenah E;Longini IM Jr
通讯作者：
Longini IM Jr
影响因子：
56.9
作者：
Halloran, ME;Longini, IM;Yang, Y
通讯作者：
Yang, Y
影响因子：
56.9
作者：
Viboud, C;Bjornstad, ON;Grenfell, BT
通讯作者：
Grenfell, BT
影响因子：
2
作者：
FLAHAULT, A;LETRAIT, S;VALLERON, AJ
通讯作者：
VALLERON, AJ
DOI：
10.1073/pnas.0601266103
发表时间：
2006-04-11
影响因子：
11.1
作者：
Germann, TC;Kadau, K;Macken, CA
通讯作者：
Macken, CA