Fungal secretome database: integrated platform for annotation of fungal secretomes.
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DOI：
10.1186/1471-2164-11-105
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发表时间：
2010-02-11
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Lee YH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Choi J;Park J;Kim D;Jung K;Kang S;Lee YH
真菌分泌具有不同功能的各种蛋白质。仅使用一个程序预测分泌蛋白是不令人满意的。为了提高预测的准确性，我们构建了真菌分泌组数据库（FSD）。采用基于9个预测程序的三层分层鉴定规则，对158个真菌/卵菌基因组（208,883个蛋白质，占总蛋白质组的15.21%）的推定分泌蛋白进行了鉴定。研究了含有已知宿主靶向信号（如RXLX [EDQ]和RXLR）的假设效应物的存在，并显示了随物种的偏差程度。消防处的用户友好界面提供预测结果的摘要，并通过个性化存储库Favorite提供多种基于网络的分析功能。FSD可作为支持真菌领域分泌蛋白研究的综合平台。本研究所述的所有数据和功能均可在消防处网页http://fsd.snu.ac.kr/查阅。
Fungi secrete various proteins that have diverse functions. Prediction of secretory proteins using only one program is unsatisfactory. To enhance prediction accuracy, we constructed Fungal Secretome Database (FSD). A three-layer hierarchical identification rule based on nine prediction programs was used to identify putative secretory proteins in 158 fungal/oomycete genomes (208,883 proteins, 15.21% of the total proteome). The presence of putative effectors containing known host targeting signals such as RXLX [EDQ] and RXLR was investigated, presenting the degree of bias along with the species. The FSD's user-friendly interface provides summaries of prediction results and diverse web-based analysis functions through Favorite, a personalized repository. The FSD can serve as an integrated platform supporting researches on secretory proteins in the fungal kingdom. All data and functions described in this study can be accessed on the FSD web site at http://fsd.snu.ac.kr/.
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通讯作者：
Vanetten HD