FASIMU: flexible software for flux-balance computation series in large metabolic networks.
FASIMU: flexible software for flux-balance computation series in large metabolic networks.
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FASIMU：大型代谢网络中通量平衡计算系列的灵活软件。
DOI：
10.1186/1471-2105-12-28
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发表时间：
2011-01-22
影响因子：
3
通讯作者：
Holzhütter HG
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hoppe A;Hoffmann S;Gerasch A;Gille C;Holzhütter HG
基于线性优化的通量平衡分析被广泛应用于大型代谢网络中代谢通量的计算，在网络管理和结构分析中的重要性日益突出。因此，一个足够灵活的计算工具，实现各种各样的FBA算法，并能够处理批量系列的通量平衡优化是非常有益的。我们提出FASIMU，一个面向命令行的软件，用于使用各种最常见的FBA算法计算通量分布，包括第一个可用的实现（i）加权通量最小化，（ii）部分抑制酶的适应度最大化，和（iii）基于浓度的热力学可行性约束。它允许具有不同目标和约束的批量计算，适用于网络修剪，泄漏分析，通量-可变性分析以及网络管理代谢目标的系统探测。输入和输出支持SBML。FASIMU可以使用免费的（lp_solve和GLPK）或商业求解器（CPLEX，LINDO）。BiNA的一个新插件（faBiNA）可以方便地可视化计算的通量分布。这个独立于平台的程序是一个开源项目，在GNU公共许可证下可以在http://www.bioinformatics.org/fasimu免费获得，包括手册、教程和插件。我们提出了一个通量平衡优化程序，其主要优点是实施热力学约束，批量计算，免费提供的来源，选择各种外部求解器，代谢目标和约束的灵活性。
Flux-balance analysis based on linear optimization is widely used to compute metabolic fluxes in large metabolic networks and gains increasingly importance in network curation and structural analysis. Thus, a computational tool flexible enough to realize a wide variety of FBA algorithms and able to handle batch series of flux-balance optimizations is of great benefit. We present FASIMU, a command line oriented software for the computation of flux distributions using a variety of the most common FBA algorithms, including the first available implementation of (i) weighted flux minimization, (ii) fitness maximization for partially inhibited enzymes, and (iii) of the concentration-based thermodynamic feasibility constraint. It allows batch computation with varying objectives and constraints suited for network pruning, leak analysis, flux-variability analysis, and systematic probing of metabolic objectives for network curation. Input and output supports SBML. FASIMU can work with free (lp_solve and GLPK) or commercial solvers (CPLEX, LINDO). A new plugin (faBiNA) for BiNA allows to conveniently visualize calculated flux distributions. The platform-independent program is an open-source project, freely available under GNU public license at http://www.bioinformatics.org/fasimu including manual, tutorial, and plugins. We present a flux-balance optimization program whose main merits are the implementation of thermodynamics as a constraint, batch series of computations, free availability of sources, choice on various external solvers, and the flexibility on metabolic objectives and constraints.
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将代谢物浓度包括到通量平衡分析中：热力学可实现性作为对代谢网络中通量分布的限制。
影响因子：
--
作者：
Hoppe, Andreas;Hoffmann, Sabrina;Holzhutter, Hermann-Georg
通讯作者：
Holzhutter, Hermann-Georg
DOI：
10.1038/nrmicro1949
发表时间：
2009-02
期刊：
Nature reviews. Microbiology
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
5.8
作者：
Gevorgyan, Albert;Poolman, Mark G.;Fell, David A.
通讯作者：
Fell, David A.
影响因子：
5.8
作者：
Bell, SL;Palsson, BO
通讯作者：
Palsson, BO
影响因子：
5.8
作者：
Hucka, M;Finney, A;Wang, J
通讯作者：
Wang, J