Mitochondrial Genome Evolution, Genetic Diversity, and Population Structure in British Water Voles (Arvicola amphibius).
Mitochondrial Genome Evolution, Genetic Diversity, and Population Structure in British Water Voles (Arvicola amphibius).
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DOI：
10.3390/genes12020138
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发表时间：
2021-01-21
期刊：
影响因子：
3.5
通讯作者：
Farré M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kirkland C;Farré M
欧洲水鼠（学名：Arvicola amphitus）是一种啮齿类动物，隶属于Arvicolinae亚科。在英国，水鼠在上个世纪迅速减少，使它们成为保护的优先事项。关于Arvicola与Arvicolinae其他属的关系仍有争议。此外，英国圈养繁殖计划对水鼠遗传多样性的影响尚不清楚。我们使用现有的线粒体基因组构建Arvicolinae内的物种的遗传，然后通过测序的17个人的线粒体DNA控制区从圈养人口的水田鼠在英国，以评估其遗传多样性和人口结构。本研究首先利用31个种的线粒体基因组构建了一个更新的Arvicolinae系统发育树。第二，我们的研究结果显示，与英国的自然种群相比，圈养水鼠种群具有相当大的遗传多样性。我们确认分组英国水鼠分为两个分支，所有俘虏的个人发现在英语/威尔士分支。此外，圈养水鼠聚集在英格兰东南部和东部的人口密切。线粒体基因组提供了一个有用的标记来研究这个啮齿动物分支的遗传学，此外，我们的研究为Wildwood Trust的育种计划提供了支持，并为该物种未来的保护遗传学研究提供了框架。
The European water vole (Arvicola amphibius) is a rodent within the subfamily Arvicolinae. In Britain, water voles have declined rapidly during the last century, making them a conservation priority. The relationship of Arvicola to other genera within Arvicolinae remains debated. Additionally, the impact that captive breeding programs in Britain are having on the genetic diversity of water voles is unknown. We use available mitochondrial genomes to construct the phylogeny of species within Arvicolinae, followed by sequencing the mitochondrial DNA control region of 17 individuals from a captive population of water voles in Britain to assess their genetic diversity and population structure. Our study first provides an updated phylogenetic tree of Arvicolinae using the mitochondrial genome of 31 species. Second, our results show considerable genetic diversity in the captive population of water voles, when compared with natural populations in Britain. We confirm the grouping of British water voles into two clades, with all captive individuals found in the English/Welsh clade. Moreover, captive water voles clustered closely with populations in the South East and East of England. The mitochondrial genome provides a useful marker to study the phylogenetics of this rodent clade and in addition, our study provides support for the breeding program at Wildwood Trust and provides a framework for future conservation genetics studies in this species.
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DOI：
10.1080/23802359.2016.1172275
发表时间：
2016-04-19
期刊：
Mitochondrial DNA. Part B, Resources
影响因子：
--
作者：
Yu P;Kong L;Li Y;Cong H;Li Y
通讯作者：
Li Y
Arvicolinae啮齿动物的进化辐射（田鼠和诱饵）：核和线粒体DNA系统发育的相对贡献。
影响因子：
3.4
作者：
Galewski, Thomas;Tilak, Marie-ka;Sanchez, Sophie;Chevret, Pascale;Paradis, Emmanuel;Douzery, Emmanuel J. P.
通讯作者：
Douzery, Emmanuel J. P.
影响因子：
3.7
作者：
Steppan SJ;Schenk JJ
通讯作者：
Schenk JJ
DOI：
10.1093/bioinformatics/btq706
发表时间：
2011-02-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Schliep KP
通讯作者：
Schliep KP
DOI：
10.1080/23802359.2019.1687026
发表时间：
2019-11-12
期刊：
Mitochondrial DNA. Part B, Resources
影响因子：
--
作者：
Bondareva OV;Abramson NI
通讯作者：
Abramson NI