Perspective on the application of genome sequencing for monkeypox virus surveillance.
Perspective on the application of genome sequencing for monkeypox virus surveillance.
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DOI：
10.1016/j.virs.2023.03.006
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发表时间：
2023-04
影响因子：
5.5
通讯作者：
Tan, Wenjie
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen, Yuda;Wu, Changcheng;Ruhan, A.;Zhao, Li;Zhang, Zhongxian;Tan, Wenjie
MPXV的全基因组测序对于监测新出现的变异体和评估其潜在的致病性至关重要。简要解释了mNGS的关键步骤，包括核酸提取、文库准备、测序和数据分析。讨论了样本前处理、病毒浓缩和测序平台选择的优化策略。强烈建议同时进行下一代测序和第三代测序。
Whole genome sequencing of MPXV is crucial for monitoring emerging variants and assessing their potential pathogenicity. The critical steps of mNGS, encompassing nucleic acid extraction, library preparation, sequencing, and data analysis, are concisely explained. Optimization strategies for sample pre-processing, virus enrichment, and sequencing platform selection are deliberated. Conducting next-generation sequencing and third-generation sequencing concurrently is highly recommended.
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DOI：
10.3390/v12111257
发表时间：
2020-11-05
期刊：
Viruses
影响因子：
--
作者：
Alakunle E;Moens U;Nchinda G;Okeke MI
通讯作者：
Okeke MI
影响因子：
--
作者：
Bronner, Iraad F;Quail, Michael A
通讯作者：
Quail, Michael A
影响因子：
3.7
作者：
Chen, NH;Li, GY;Liszewski, MK;Atkinson, JP;Jahrling, PB;Feng, ZH;Schriewer, J;Buck, C;Wang, CL;Lefkowitz, EJ;Esposito, JJ;Harms, T;Damon, IK;Roper, RL;Upton, C;Buller, RML
通讯作者：
Buller, RML
DOI：
10.1126/science.add4153
发表时间：
2022-11-04
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
fastp：一款超快一体化 FASTQ 预处理器
DOI：
10.1093/bioinformatics/bty560
发表时间：
2018-09-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Chen S;Zhou Y;Chen Y;Gu J
通讯作者：
Gu J