Genome sequence of the progenitor of wheat A subgenome Triticum urartu.
Genome sequence of the progenitor of wheat A subgenome Triticum urartu.
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DOI：
10.1038/s41586-018-0108-0
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发表时间：
2018-05
期刊：
影响因子：
64.8
通讯作者：
Liang C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ling HQ;Ma B;Shi X;Liu H;Dong L;Sun H;Cao Y;Gao Q;Zheng S;Li Y;Yu Y;Du H;Qi M;Li Y;Lu H;Yu H;Cui Y;Wang N;Chen C;Wu H;Zhao Y;Zhang J;Li Y;Zhou W;Zhang B;Hu W;van Eijk MJT;Tang J;Witsenboer HMA;Zhao S;Li Z;Zhang A;Wang D;Liang C
乌拉尔小麦（Triticum urartu，AA）是四倍体小麦（Triticum turgidum，AABB）和六倍体小麦（Triticum aestivum，AABBDD）的A亚基因组的祖先。T. urartu对研究多倍体小麦基因组的结构、功能和进化是有用的。在这里，我们报告了一个高质量的基因组序列的T。urartu通过结合细菌人工染色体（BAC）-by-BAC测序、单分子实时全基因组鸟枪测序、连锁读数和光学作图来进行。我们组装了7个染色体规模的假分子，并确定了蛋白质编码基因，我们提出了一个T。urartu染色体。与其他禾本科植物基因组的比较分析表明，在T。urartu基因组。对147株T.来自新月沃土的urartu种质表现出三个类群的聚类，在海拔和生物胁迫（如白粉病）方面存在差异。霸王urartu基因组组装为研究小麦和相关禾本科植物的遗传变异提供了宝贵的资源，并有望促进发现对小麦改良有用的基因。六倍体小麦A亚基因组的祖先乌拉尔小麦的基因组序列提供了对禾本科植物进化过程中基因组复制的深入了解。
Triticum urartu (diploid, AA) is the progenitor of the A subgenome of tetraploid (Triticum turgidum, AABB) and hexaploid (Triticum aestivum, AABBDD) wheat. Genomic studies of T. urartu have been useful for investigating the structure, function and evolution of polyploid wheat genomes. Here we report the generation of a high-quality genome sequence of T. urartu by combining bacterial artificial chromosome (BAC)-by-BAC sequencing, single molecule real-time whole-genome shotgun sequencing, linked reads and optical mapping. We assembled seven chromosome-scale pseudomolecules and identified protein-coding genes, and we suggest a model for the evolution of T. urartu chromosomes. Comparative analyses with genomes of other grasses showed gene loss and amplification in the numbers of transposable elements in the T. urartu genome. Population genomics analysis of 147 T. urartu accessions from across the Fertile Crescent showed clustering of three groups, with differences in altitude and biostress, such as powdery mildew disease. The T. urartu genome assembly provides a valuable resource for studying genetic variation in wheat and related grasses, and promises to facilitate the discovery of genes that could be useful for wheat improvement. The genome sequence of Triticum urartu, the progenitor of the A subgenome of hexaploid wheat, provides insight into genome duplication during grass evolution.
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