Deep sequencing identifies ethnicity-specific bacterial signatures in the oral microbiome.
Deep sequencing identifies ethnicity-specific bacterial signatures in the oral microbiome.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0077287
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发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Kumar PS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mason MR;Nagaraja HN;Camerlengo T;Joshi V;Kumar PS
口腔感染有很强的种族偏好;这表明种族是口腔微生物定植的关键决定因素。使用末端限制性片段长度多态性（t-RFLP）和16 S焦磷酸测序分析了来自美国四个主要种族的192名受试者的牙菌斑和唾液样本。在唾液和龈下生物膜中，微生物群落的种族特异性聚类是明显的，并且机器学习分类器能够从龈下微生物签名中识别个体的种族。该分类器以100%的灵敏度和74%的特异性识别非裔美国人，以50%的灵敏度和91%的特异性识别高加索人。这些数据表明，种族归属与口腔微生物组的组成之间存在显着关联;在某种程度上，这些微生物特征似乎能够区分种族。
Oral infections have a strong ethnic predilection; suggesting that ethnicity is a critical determinant of oral microbial colonization. Dental plaque and saliva samples from 192 subjects belonging to four major ethnicities in the United States were analyzed using terminal restriction fragment length polymorphism (t-RFLP) and 16S pyrosequencing. Ethnicity-specific clustering of microbial communities was apparent in saliva and subgingival biofilms, and a machine-learning classifier was capable of identifying an individual’s ethnicity from subgingival microbial signatures. The classifier identified African Americans with a 100% sensitivity and 74% specificity and Caucasians with a 50% sensitivity and 91% specificity. The data demonstrates a significant association between ethnic affiliation and the composition of the oral microbiome; to the extent that these microbial signatures appear to be capable of discriminating between ethnicities.
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影响因子：
9.4
作者：
Kumar, PS;Griffen, AL;Leys, EJ
通讯作者：
Leys, EJ
影响因子：
3.8
作者：
Tezal, Mine;Sullivan, Maureen A.;Scannapieco, Frank A.
通讯作者：
Scannapieco, Frank A.
DOI：
10.1007/s10482-004-0498-x
发表时间：
2004-11-01
影响因子：
2.6
作者：
Rees, GN;Baldwin, DS;Nielsen, DL
通讯作者：
Nielsen, DL
影响因子：
3
作者：
Quince C;Lanzen A;Davenport RJ;Turnbaugh PJ
通讯作者：
Turnbaugh PJ
影响因子：
2
作者：
LOE, HARALD;SILNESS, JOHN
通讯作者：
SILNESS, JOHN