WebFR3D--a server for finding, aligning and analyzing recurrent RNA 3D motifs.
WebFR3D--a server for finding, aligning and analyzing recurrent RNA 3D motifs.
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DOI：
10.1093/nar/gkr249
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发表时间：
2011-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Leontis NB
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Petrov AI;Zirbel CL;Leontis NB
WebFR 3D是“Find RNA 3D”（FR 3D）的在线版本，FR 3D是一个用于注释原子分辨率RNA 3D结构文件并有效搜索它们以定位和比较RNA 3D结构基序的程序。WebFR 3D提供了对FR 3D核心功能的在线访问，包括几何和符号搜索模式，而无需安装程序或在本地下载和维护3D结构数据。在几何搜索模式下，WebFR 3D查找与用户指定的查询结构相似的所有图案。在符号搜索模式下，WebFR 3D可以找到所有进行用户指定交互的核苷酸集合。在这两种模式下，用户可以指定序列，序列连续性，碱基配对，碱基堆叠和其他限制核苷酸及其相互作用。WebFR 3D可用于定位发夹环、内环或连接环，列出所有碱基对或其他相互作用，或在任何PDB文件或整个3D结构文件集中查找重复出现的RNA 3D基序（如sarcin-ricin和扭结-转角内环或T-和GNRA发夹环）。输出页面提供了通过3D结构的叠加和用成对相互作用注释的序列的比对来比较搜索返回的实例的工具。WebFR 3D可在http://rna.bgsu.edu/webfr3d上获得。
WebFR3D is the on-line version of ‘Find RNA 3D’ (FR3D), a program for annotating atomic-resolution RNA 3D structure files and searching them efficiently to locate and compare RNA 3D structural motifs. WebFR3D provides on-line access to the central features of FR3D, including geometric and symbolic search modes, without need for installing programs or downloading and maintaining 3D structure data locally. In geometric search mode, WebFR3D finds all motifs similar to a user-specified query structure. In symbolic search mode, WebFR3D finds all sets of nucleotides making user-specified interactions. In both modes, users can specify sequence, sequence–continuity, base pairing, base-stacking and other constraints on nucleotides and their interactions. WebFR3D can be used to locate hairpin, internal or junction loops, list all base pairs or other interactions, or find instances of recurrent RNA 3D motifs (such as sarcin–ricin and kink-turn internal loops or T- and GNRA hairpin loops) in any PDB file or across a whole set of 3D structure files. The output page provides facilities for comparing the instances returned by the search by superposition of the 3D structures and the alignment of their sequences annotated with pairwise interactions. WebFR3D is available at http://rna.bgsu.edu/webfr3d.
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影响因子：
14.9
作者：
Tamura, M;Hendrix, DK;Holbrook, SR
通讯作者：
Holbrook, SR
影响因子：
4.5
作者：
Richardson, Jane S.;Schneider, Bohdan;Berman, Helen M.
通讯作者：
Berman, Helen M.
DOI：
10.1073/pnas.0337743100
发表时间：
2003-02-18
影响因子：
11.1
作者：
Rangan, P;Masquida, B;Woodson, SA
通讯作者：
Woodson, SA
影响因子：
3.4
作者：
BERMAN, HM;OLSON, WK;SCHNEIDER, B
通讯作者：
SCHNEIDER, B
影响因子：
14.9
作者：
Lai CE;Tsai MY;Liu YC;Wang CW;Chen KT;Lu CL
通讯作者：
Lu CL