3DLigandSite: predicting ligand-binding sites using similar structures.
3DLigandSite: predicting ligand-binding sites using similar structures.
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DOI：
10.1093/nar/gkq406
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发表时间：
2010-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Sternberg MJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wass MN;Kelley LA;Sternberg MJ
3DLigandSite是一个用于预测配体结合位点的Web服务器。它是基于在第八轮蛋白质结构预测技术的关键评估（CASP8）中使用的成功的手动方法。3DLigandSite利用蛋白质结构预测为尚未解决的蛋白质提供结构模型。与查询结构相似的配体被叠加到模型上，并用于预测结合位点。在对CASP8目标的基准测试中，3DLigandSite获得了0.64的马修相关系数（MCC），覆盖率和准确率分别为71%和60%，与我们在CASP8中的手动性能相似。在使用大量蛋白质结构的进一步基准测试中，3DLigandSite获得了0.68的MCC。Web服务器允许用户提交查询序列或结构。预测通过交互式Jmol小程序直观显示。3DLigandSite可在http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/3dligandsite上使用。
3DLigandSite is a web server for the prediction of ligand-binding sites. It is based upon successful manual methods used in the eighth round of the Critical Assessment of techniques for protein Structure Prediction (CASP8). 3DLigandSite utilizes protein-structure prediction to provide structural models for proteins that have not been solved. Ligands bound to structures similar to the query are superimposed onto the model and used to predict the binding site. In benchmarking against the CASP8 targets 3DLigandSite obtains a Matthew’s correlation co-efficient (MCC) of 0.64, and coverage and accuracy of 71 and 60%, respectively, similar results to our manual performance in CASP8. In further benchmarking using a large set of protein structures, 3DLigandSite obtains an MCC of 0.68. The web server enables users to submit either a query sequence or structure. Predictions are visually displayed via an interactive Jmol applet. 3DLigandSite is available for use at http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/3dligandsite.
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影响因子：
14.9
作者：
Lopez G;Valencia A;Tress M
通讯作者：
Tress M
影响因子：
14.9
作者：
UniProt Consortium
通讯作者：
UniProt Consortium
DOI：
10.1093/bioinformatics/btn214
发表时间：
2008-07-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Capra JA;Singh M
通讯作者：
Singh M
影响因子：
--
作者：
Huang B;Schroeder M
通讯作者：
Schroeder M
影响因子：
2.9
作者：
Lopez, Gonzalo;Rojas, Ana;Valencia, Alfonso
通讯作者：
Valencia, Alfonso