An Oligonucleotide-based Tandem RNA Isolation Procedure to Recover Eukaryotic mRNA-Protein Complexes.
An Oligonucleotide-based Tandem RNA Isolation Procedure to Recover Eukaryotic mRNA-Protein Complexes.
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DOI：
10.3791/58223
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发表时间：
2018-08-18
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Gerber AP
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Iadevaia V;Matia-González AM;Gerber AP
RNA结合蛋白（RBP）在基因表达的转录后控制中发挥关键作用。因此，mRNA-蛋白质复合物的生物化学表征对于理解由相互作用的蛋白质或非编码RNA推断的mRNA调节是必不可少的。在此，我们描述了一个串联RNA分离程序（TRIP），使内源性形成的mRNA-蛋白质复合物从细胞提取物的纯化。两步方案涉及用反义寡核苷酸（dT）珠分离聚腺苷酸化mRNA，随后用3 '-生物素化2'-O-甲基化反义RNA寡核苷酸捕获目标mRNA，然后用链霉亲和素珠分离。TRIP用于从酵母、线虫和人细胞中回收体内交联的mRNA-核糖核蛋白（mRNP）复合物，用于进一步的RNA和蛋白质分析。因此，TRIP是一种通用的方法，可以适用于生物体中所有类型的多聚腺苷酸化RNA，以研究由细胞内或环境线索引起的mRNP的动态重排。
RNA-binding proteins (RBPs) play key roles in the post-transcriptional control of gene expression. Therefore, biochemical characterization of mRNA-protein complexes is essential to understanding mRNA regulation inferred by interacting proteins or non-coding RNAs. Herein, we describe a tandem RNA isolation procedure (TRIP) that enables the purification of endogenously formed mRNA-protein complexes from cellular extracts. The two-step protocol involves the isolation of polyadenylated mRNAs with antisense oligo(dT) beads and subsequent capture of an mRNA of interest with 3'-biotinylated 2'-O-methylated antisense RNA oligonucleotides, which can then be isolated with streptavidin beads. TRIP was used to recover in vivo crosslinked mRNA-ribonucleoprotein (mRNP) complexes from yeast, nematodes and human cells for further RNA and protein analysis. Thus, TRIP is a versatile approach that can be adapted to all types of polyadenylated RNAs across organisms to study the dynamic re-arrangement of mRNPs imposed by intracellular or environmental cues.
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影响因子：
8.8
作者：
Liao Y;Castello A;Fischer B;Leicht S;Föehr S;Frese CK;Ragan C;Kurscheid S;Pagler E;Yang H;Krijgsveld J;Hentze MW;Preiss T
通讯作者：
Preiss T
影响因子：
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作者：
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作者：
Beckmann BM;Horos R;Fischer B;Castello A;Eichelbaum K;Alleaume AM;Schwarzl T;Curk T;Foehr S;Huber W;Krijgsveld J;Hentze MW
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作者：
Iadevaia V;Gerber AP
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Gerber AP
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作者：
Castello, Alfredo;Horos, Rastislav;Hentze, Matthias W.
通讯作者：
Hentze, Matthias W.