Clinical and translational values of spatial transcriptomics.
Clinical and translational values of spatial transcriptomics.
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空间转录组学的临床和转化价值
DOI：
10.1038/s41392-022-00960-w
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发表时间：
2022-04-01
影响因子：
39.3
通讯作者：
Wang X
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang L;Chen D;Song D;Liu X;Zhang Y;Xu X;Wang X
空间转录组学（ST）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）的组合作为一个关键的组成部分，以桥梁的病理表型的人类组织的分子变化，定义在原位细胞间的分子通讯和时空分子医学的知识。本文综述了ST的发展，旨在评估临床和翻译价值，了解分子发病机制和发现疾病特异性生物标志物。我们比较了基于测序和成像技术的优势和劣势，并强调了ST的机遇和挑战。我们还描述了解剖基因表达和细胞相互作用的空间模式所需的生物信息学工具，以及ST在人类疾病临床实践中的潜在应用，作为临床和转化医学的重要问题之一，包括神经学，胚胎发育，肿瘤学，和炎症。因此，明确的临床目标、设计、采样程序和方案的优化、ST的可重复性以及分析和解释的简化是ST从实验室到临床的关键。
The combination of spatial transcriptomics (ST) and single cell RNA sequencing (scRNA-seq) acts as a pivotal component to bridge the pathological phenomes of human tissues with molecular alterations, defining in situ intercellular molecular communications and knowledge on spatiotemporal molecular medicine. The present article overviews the development of ST and aims to evaluate clinical and translational values for understanding molecular pathogenesis and uncovering disease-specific biomarkers. We compare the advantages and disadvantages of sequencing- and imaging-based technologies and highlight opportunities and challenges of ST. We also describe the bioinformatics tools necessary on dissecting spatial patterns of gene expression and cellular interactions and the potential applications of ST in human diseases for clinical practice as one of important issues in clinical and translational medicine, including neurology, embryo development, oncology, and inflammation. Thus, clear clinical objectives, designs, optimizations of sampling procedure and protocol, repeatability of ST, as well as simplifications of analysis and interpretation are the key to translate ST from bench to clinic.
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影响因子：
64.8
作者：
Boyd DF;Allen EK;Randolph AG;Guo XJ;Weng Y;Sanders CJ;Bajracharya R;Lee NK;Guy CS;Vogel P;Guan W;Li Y;Liu X;Novak T;Newhams MM;Fabrizio TP;Wohlgemuth N;Mourani PM;PALISI Pediatric Intensive Care Influenza (PICFLU) Investigators;Wight TN;Schultz-Cherry S;Cormier SA;Shaw-Saliba K;Pekosz A;Rothman RE;Chen KF;Yang Z;Webby RJ;Zhong N;Crawford JC;Thomas PG
通讯作者：
Thomas PG
影响因子：
64.5
作者：
Asp, Michaela;Giacomello, Stefania;Lundeberg, Joakim
通讯作者：
Lundeberg, Joakim
影响因子：
64.5
作者：
Cho CS;Xi J;Si Y;Park SR;Hsu JE;Kim M;Jun G;Kang HM;Lee JH
通讯作者：
Lee JH
影响因子：
48
作者：
Codeluppi, Simone;Borm, Lars E.;Linnarsson, Sten
通讯作者：
Linnarsson, Sten
影响因子：
4.6
作者：
Asp M;Salmén F;Ståhl PL;Vickovic S;Felldin U;Löfling M;Fernandez Navarro J;Maaskola J;Eriksson MJ;Persson B;Corbascio M;Persson H;Linde C;Lundeberg J
通讯作者：
Lundeberg J