Prokaryote genome fluidity is dependent on effective population size.
Prokaryote genome fluidity is dependent on effective population size.
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DOI：
10.1038/ismej.2017.36
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发表时间：
2017-07
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Vos M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Andreani NA;Hesse E;Vos M
已知许多原核生物物种具有流体基因组，通过基因丢失、通过横向转移获得基因以及基因复制的组合作用，不同菌株的辅助基因含量显著不同。然而，决定基因组流动性的进化力量还没有得到很好的理解。我们在这里首次系统地分析了这种独特的基因组特征在细菌物种之间的差异程度。我们发现，基因组流动性与核心基因组的同义核苷酸多样性，有效的人口规模Ne的措施呈正相关。没有影响基因组大小，同源性或同源重组率基因组fluiditywere found.Our的研究结果是一致的情况下，辅助基因内容的营业额在很大程度上取决于中性进化。
Many prokaryote species are known to have fluid genomes, with different strains varying markedly in accessory gene content through the combined action of gene loss, gene gain via lateral transfer, as well as gene duplication. However, the evolutionary forces determining genome fluidity are not yet well understood. We here for the first time systematically analyse the degree to which this distinctive genomic feature differs between bacterial species. We find that genome fluidity is positively correlated with synonymous nucleotide diversity of the core genome, a measure of effective population size Ne. No effects of genome size, phylogeny or homologous recombination rate on genome fluidity were found. Our findings are consistent with a scenario where accessory gene content turnover is for a large part dictated by neutral evolution.
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影响因子：
3.3
作者：
Nowell RW;Green S;Laue BE;Sharp PM
通讯作者：
Sharp PM
影响因子：
11.4
作者：
Lynch, Michael
通讯作者：
Lynch, Michael
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11
作者：
Vos, Michiel;Didelot, Xavier
通讯作者：
Didelot, Xavier
DOI：
10.1038/ismej.2016.34
发表时间：
2016-10
期刊：
The ISME journal
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1073/pnas.0506758102
发表时间：
2005-09-27
影响因子：
11.1
作者：
Tettelin, H;Masignani, V;Fraser, CM
通讯作者：
Fraser, CM