FaRE1: a transcriptionally active Ty1-copia retrotransposon in strawberry
FaRE1: a transcriptionally active Ty1-copia retrotransposon in strawberry
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FaRE1：草莓中具有转录活性的 Ty1-copia 逆转录转座子
DOI：
10.1007/s10265-009-0290-0
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发表时间：
2010-09
影响因子：
2.8
通讯作者：
Zhang Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
He P;Zhang Z
反转录转座子在植物界中普遍存在，并且构成许多植物基因组的大部分。尽管大多数来自植物的逆转录转座子被认为在体细胞组织中转录沉默，但在某些情况下可以获得某些条件下活性的证据。本研究利用基因组步移法从栽培草莓（Fragaria × ananassa）基因组中分离到一个完整的LTR反转录转座子。该元件名为FaRE 1，具有典型Ty 1-copia反转录转座子的所有特征。其全长为5，104 bp，包含一个3，891 bp的开放阅读框。每个基因组约有96个拷贝，相当于基因组的约0.33%。FaRE 1的转录检测在各种植物激素，如萘乙酸，2，4-二氯苯氧乙酸或脱落酸处理的叶组织。据我们所知，这是第一个报告的分离完整的LTR反转录转座子的转录活性在草莓。
Retrotransposons are ubiquitous in the plant kingdom and constitute a large fraction of many plant genomes. Although most retrotransposons from plants were thought to be transcriptionally silent in somatic tissues, evidence of activity under certain conditions is available in some cases. In this study, a complete LTR retrotransposon was isolated from the cultivated strawberry (Fragaria × ananassa) genome using genome walking. The element, named FaRE1, has all the features of a typical Ty1-copia retrotransposon. Its total length was 5,104 bp, comprising a single 3,891 bp open reading frame. It is represented by ~96 copies per genome, equivalent to ~0.33% of the genome. Transcription of FaRE1 was detected in leaf tissue treated with various phytohormones, such as naphthalene acetic acid, 2,4-dichlorophenoxyacetic acid or abscisic acid . To our knowledge, this is the first report of the isolation of a complete LTR retrotransposon with transcriptional activity in strawberry.
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影响因子：
9.8
作者：
Nemhauser JL;Mockler TC;Chory J
通讯作者：
Chory J
影响因子：
4.9
作者：
H. Kato;P. Sriprasertsak;H. Seki;Y. Ichinose;T. Shiraishi;T. Yamada
通讯作者：
H. Kato;P. Sriprasertsak;H. Seki;Y. Ichinose;T. Shiraishi;T. Yamada
DOI：
10.1007/bf00279369
发表时间：
1992-11
期刊：
Molecular and General Genetics MGG
影响因子：
--
作者：
H. Vaucheret;A. Marion-Poll;C. Meyer;J. Faure;E. Marín;M. Caboche
通讯作者：
H. Vaucheret;A. Marion-Poll;C. Meyer;J. Faure;E. Marín;M. Caboche
DOI：
10.2307/3871592
发表时间：
2001
期刊：
The Plant cell
影响因子：
--
作者：
B. Boyle;N. Brisson
通讯作者：
B. Boyle;N. Brisson
影响因子：
56.9
作者：
SanMiguel, P;Tikhonov, A;Bennetzen, JL
通讯作者：
Bennetzen, JL