OME-NGFF: a next-generation file format for expanding bioimaging data-access strategies.
OME-NGFF: a next-generation file format for expanding bioimaging data-access strategies.
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OME-NGFF：一种下一代文件格式，用于扩展生物成像数据访问策略。
DOI：
10.1038/s41592-021-01326-w
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发表时间：
2021-12
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Swedlow JR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Moore J;Allan C;Besson S;Burel JM;Diel E;Gault D;Kozlowski K;Lindner D;Linkert M;Manz T;Moore W;Pape C;Tischer C;Swedlow JR
生物成像创新的快速步伐及其应用的多样性阻碍了建立社区商定的标准化数据格式。我们建议用下一代文件格式（如Zarr）补充已建立的开放格式（如OME-TIFF和HDF 5），将满足生物成像中的大多数用例。至关重要的是，在所有这些容器中使用的通用元数据格式可以提供真正可查找、可访问、可互操作和可重复使用的生物成像数据。OME的下一代文件格式（OME-NGFF）为OME-TIFF和HDF 5提供了云原生补充，用于大规模存储和访问生物成像数据，并致力于实现可查找、可访问、可互操作和可重复使用的生物成像数据的目标。
The rapid pace of innovation in biological imaging and the diversity of its applications have prevented the establishment of a community-agreed standardized data format. We propose that complementing established open formats such as OME-TIFF and HDF5 with a next-generation file format such as Zarr will satisfy the majority of use cases in bioimaging. Critically, a common metadata format used in all these vessels can deliver truly findable, accessible, interoperable and reusable bioimaging data. OME’s next-generation file format (OME-NGFF) provides a cloud-native complement to OME-TIFF and HDF5 for storing and accessing bioimaging data at scale and works toward the goal of findable, accessible, interoperable and reusable bioimaging data.
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DOI：
10.1083/jcb.201004104
发表时间：
2010-05-31
期刊：
The Journal of cell biology
影响因子：
--
作者：
Linkert M;Rueden CT;Allan C;Burel JM;Moore W;Patterson A;Loranger B;Moore J;Neves C;Macdonald D;Tarkowska A;Sticco C;Hill E;Rossner M;Eliceiri KW;Swedlow JR
通讯作者：
Swedlow JR
影响因子：
48
作者：
Williams E;Moore J;Li SW;Rustici G;Tarkowska A;Chessel A;Leo S;Antal B;Ferguson RK;Sarkans U;Brazma A;Salas REC;Swedlow JR
通讯作者：
Swedlow JR
影响因子：
48
作者：
Ellenberg J;Swedlow JR;Barlow M;Cook CE;Sarkans U;Patwardhan A;Brazma A;Birney E
通讯作者：
Birney E
影响因子：
56.9
作者：
Lamers, Mart M.;Beumer, Joep;Clevers, Hans
通讯作者：
Clevers, Hans
影响因子：
--
作者：
Allen, Micah;Poggiali, Davide;Kievit, Rogier A
通讯作者：
Kievit, Rogier A