mirEX: a platform for comparative exploration of plant pri-miRNA expression data.
mirEX: a platform for comparative exploration of plant pri-miRNA expression data.
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DOI：
10.1093/nar/gkr878
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发表时间：
2012-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Karlowski WM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bielewicz D;Dolata J;Zielezinski A;Alaba S;Szarzynska B;Szczesniak MW;Jarmolowski A;Szweykowska-Kulinska Z;Karlowski WM
mirEX是一个综合性平台，用于对主要microRNA表达数据进行比较分析。基于RT-qPCR的基因表达谱存储在通用和可扩展的数据库方案中，并由直观的用户友好界面包装。在mirEX中访问基因表达数据的一种新方法包括一个简单的鼠标操作的查询系统和用于数据挖掘分析的动态图。与其他公开可用的数据库相比，mirEX接口允许同时比较不同器官和发育阶段中各种microRNA基因之间的表达水平。目前，mirEX整合了190个拟南芥pri-miRNAs在7个不同发育阶段的表达谱信息：种子，幼苗和成熟植物的各种器官。此外，通过提供RNA结构模型，公开的深度测序结果，实验程序细节和精心选择的网络链接形式的辅助数据，mirEX可以作为拟南芥microRNA信息的一站式解决方案。可以在http://bioinfo.amu.edu.pl/mirex访问基于Web的mirEX界面。
mirEX is a comprehensive platform for comparative analysis of primary microRNA expression data. RT–qPCR-based gene expression profiles are stored in a universal and expandable database scheme and wrapped by an intuitive user-friendly interface. A new way of accessing gene expression data in mirEX includes a simple mouse operated querying system and dynamic graphs for data mining analyses. In contrast to other publicly available databases, the mirEX interface allows a simultaneous comparison of expression levels between various microRNA genes in diverse organs and developmental stages. Currently, mirEX integrates information about the expression profile of 190 Arabidopsis thaliana pri-miRNAs in seven different developmental stages: seeds, seedlings and various organs of mature plants. Additionally, by providing RNA structural models, publicly available deep sequencing results, experimental procedure details and careful selection of auxiliary data in the form of web links, mirEX can function as a one-stop solution for Arabidopsis microRNA information. A web-based mirEX interface can be accessed at http://bioinfo.amu.edu.pl/mirex.
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影响因子：
14.9
作者：
Kozomara A;Griffiths-Jones S
通讯作者：
Griffiths-Jones S
水稻中干旱诱导的 microRNA 的鉴定。
DOI：
10.1016/j.bbrc.2007.01.022
发表时间：
2007-03-09
影响因子：
3.1
作者：
Zhao, Botao;Liang, Ruqiang;Jin, Youxin
通讯作者：
Jin, Youxin
影响因子：
14.9
作者：
Betel D;Wilson M;Gabow A;Marks DS;Sander C
通讯作者：
Sander C
DOI：
10.1073/pnas.0802493105
发表时间：
2008-06-24
影响因子：
11.1
作者：
Laubinger, Sascha;Sachsenberg, Tirno;Weigel, Detlef
通讯作者：
Weigel, Detlef
影响因子：
7
作者：
Meyers, BC;Tej, SS;Decola, S
通讯作者：
Decola, S