Comparison between procedures using SDS for shotgun proteomic analyses of complex samples.
Comparison between procedures using SDS for shotgun proteomic analyses of complex samples.
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DOI：
10.1002/pmic.201100045
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发表时间：
2011-07
期刊：
影响因子：
3.4
通讯作者：
MacCoss, Michael J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bereman, Michael S.;Egertson, Jarrett D.;MacCoss, Michael J.
关键词：
过滤辅助样品制备（FASP）和一种新的样品制备方法，使用一个修改的商业SDS去除旋转柱进行定量比较，在其性能方面的鸟枪蛋白质组学实验在三个复杂的蛋白质组样品：酿酒酵母裂解物（不溶性部分），秀丽隐杆线虫裂解物（可溶性部分），和人胚肾细胞系（HEK 293 T）。比较两种方法鉴定的肽和蛋白质的特征和总数。SDS旋转柱程序在通量上提供保守的4倍改进，更可再现，更便宜（即，需要更少的材料），并在q≤0.01时比FASP方法多鉴定30-107%的肽。通过SDS旋转柱鉴定的肽比通过FASP程序鉴定的物质更疏水，如通过GRAVY分数的分布所指示的。最终，这些改进与使用2种或更多种肽的蛋白质鉴定增加多达50%相关。
Filter aided sample preparation (FASP) and a new sample preparation method using a modified commercial SDS removal spin column are quantitatively compared in terms of their performance for shotgun proteomic experiments in three complex proteomic samples: a Saccharomyces cerevisiae lysate (insoluble fraction), a Caenorhabditis elegans lysate (soluble fraction), and a human embryonic kidney cell line (HEK293T). The characteristics and total number of peptides and proteins identified are compared between the two procedures. The SDS spin column procedure affords a conservative 4-fold improvement in throughput, is more reproducible, less expensive (i.e., requires less materials), and identifies between 30–107% more peptides at a q≤0.01, than the FASP procedure. The peptides identified by SDS spin column are more hydrophobic than species identified by the FASP procedure as indicated by the distribution of GRAVY scores. Ultimately, these improvements correlate to as great as a 50% increase in protein identifications with 2 or more peptides.
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影响因子：
4.4
作者：
Klammer, AA;MacCoss, MJ
通讯作者：
MacCoss, MJ
影响因子：
48
作者：
Wisniewski, Jacek R.;Zougman, Alexandre;Mann, Matthias
通讯作者：
Mann, Matthias
影响因子：
7.4
作者：
Second, Tonya Pekar;Blethrow, Justin D.;Schwartz, Jae C.;Merrihew, Gennifer E.;MacCoss, Michael J.;Swaney, Danielle L.;Russell, Jason D.;Coon, Joshua J.;Zabrouskov, Vlad
通讯作者：
Zabrouskov, Vlad
影响因子：
4.4
作者：
Chen, Emily I.;Cociorva, Daniel;Yates, John R., III
通讯作者：
Yates, John R., III
影响因子：
4.4
作者：
Syka, JEP;Marto, JA;Hunt, DF
通讯作者：
Hunt, DF