AGRIS: the Arabidopsis Gene Regulatory Information Server, an update.
AGRIS: the Arabidopsis Gene Regulatory Information Server, an update.
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DOI：
10.1093/nar/gkq1120
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发表时间：
2011-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Grotewold E
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yilmaz A;Mejia-Guerra MK;Kurz K;Liang X;Welch L;Grotewold E
拟南芥基因调控信息服务器（AGRIS; http：//arabidopsis.med.ohio-state.edu/）为模式植物拟南芥中的基因调控研究提供了全面的资源。三个相互关联的数据库，AtTFDB，AtcisDB和AtRegNet，提供全面和更新的信息转录因子（TF），预测和实验验证的顺式调控元件（克雷斯）和它们的相互作用，分别。除了在识别整组TF-DNA相互作用方面的重大贡献外，这是理解控制拟南芥基因表达的基因调控网络的关键，最近纳入AGRIS的工具包括拟南芥基因组中存在的完整的5-15个单词长度，以及AtRegNet与可视化工具的整合，例如最近开发的ReIN应用程序。AGRIS中的所有信息都是公开的，在注册时可以下载。
The Arabidopsis Gene Regulatory Information Server (AGRIS; http://arabidopsis.med.ohio-state.edu/) provides a comprehensive resource for gene regulatory studies in the model plant Arabidopsis thaliana. Three interlinked databases, AtTFDB, AtcisDB and AtRegNet, furnish comprehensive and updated information on transcription factors (TFs), predicted and experimentally verified cis-regulatory elements (CREs) and their interactions, respectively. In addition to significant contributions in the identification of the entire set of TF–DNA interactions, which are the key to understand the gene regulatory networks that govern Arabidopsis gene expression, tools recently incorporated into AGRIS include the complete set of words length 5–15 present in the Arabidopsis genome and the integration of AtRegNet with visualization tools, such as the recently developed ReIN application. All the information in AGRIS is publicly available and downloadable upon registration.
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