Genome biology of Actinobacillus pleuropneumoniae JL03, an isolate of serotype 3 prevalent in China.
Genome biology of Actinobacillus pleuropneumoniae JL03, an isolate of serotype 3 prevalent in China.
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中国流行的血清型 3 分离株胸膜肺炎放线杆菌 JL03 的基因组生物学
DOI：
10.1371/journal.pone.0001450
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发表时间：
2008-01-16
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Chen H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xu Z;Zhou Y;Li L;Zhou R;Xiao S;Wan Y;Zhang S;Wang K;Li W;Li L;Jin H;Kang M;Dalai B;Li T;Liu L;Cheng Y;Zhang L;Xu T;Zheng H;Pu S;Wang B;Gu W;Zhang XL;Zhu GF;Wang S;Zhao GP;Chen H
胸膜肺炎放线杆菌是引起猪传染性胸膜肺炎的病原菌，在世界范围内给养猪业造成巨大的经济损失。我们对A.胸膜肺炎，JL 03，在中国流行的血清3型分离物。它的基因组是一条2，242，062碱基对的单染色体，包含2，097个预测的蛋白质编码序列，6个核糖体rRNA操纵子和63个tRNA基因。对基因组序列和编码蛋白功能的初步分析不仅证实了目前的生理和病理知识，而且为这一重要病原体的代谢和毒力特征提供了新的见解。我们确定了一个完整的频谱相关的基因，其特征的化学异养发酵和呼吸与不完整的TCA系统厌氧。除了证实缺乏ApxI毒素外，还鉴定出apxIVA中的无义突变和缺失其启动子和flp 1flp 2 tadV基因的flp操纵子的5′-近端截短，这为JL 03的低毒力特性提供了令人信服的假设。利用其他血清型的序列进行比较基因组分析，发现JL 03中可能存在与荚膜多糖和脂多糖O抗原生物合成相关的菌株（血清型）特异性基因组岛，为进一步研究A.胸膜肺炎
Actinobacillus pleuropneumoniae is the etiologic agent of porcine contagious pleuropneumonia, a cause of considerable world wide economic losses in the swine industry. We sequenced the complete genome of A. pleuropneumoniae, JL03, an isolate of serotype 3 prevalent in China. Its genome is a single chromosome of 2,242,062 base pairs containing 2,097 predicted protein-coding sequences, six ribosomal rRNA operons, and 63 tRNA genes. Preliminary analysis of the genomic sequence and the functions of the encoded proteins not only confirmed the present physiological and pathological knowledge but also offered new insights into the metabolic and virulence characteristics of this important pathogen. We identified a full spectrum of genes related to its characteristic chemoheterotrophic catabolism of fermentation and respiration with an incomplete TCA system for anabolism. In addition to confirming the lack of ApxI toxin, identification of a nonsense mutation in apxIVA and a 5′-proximal truncation of the flp operon deleting both its promoter and the flp1flp2tadV genes have provided convincing scenarios for the low virulence property of JL03. Comparative genomic analysis using the available sequences of other serotypes, probable strain (serotype)-specific genomic islands related to capsular polysaccharides and lipopolysaccharide O-antigen biosyntheses were identified in JL03, which provides a foundation for future research into the mechanisms of serotypic diversity of A. pleuropneumoniae.
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