Comparative analysis of Streptococcus suis genomes identifies novel candidate virulence-associated genes in North American isolates.
Comparative analysis of Streptococcus suis genomes identifies novel candidate virulence-associated genes in North American isolates.
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对猪链球菌基因组的比较分析确定了北美分离株中新的候选毒力相关基因。
DOI：
10.1186/s13567-022-01039-8
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发表时间：
2022-03-18
影响因子：
4.4
通讯作者：
Marthaler DG
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Estrada AA;Gottschalk M;Gebhart CJ;Marthaler DG
猪链球菌是养猪业一个重要的经济和福利问题。泛基因组分析为发现细菌病原体致病相关基因提供了一种电子计算机方法。在这项研究中，我们对208个猪链球菌分离株进行了泛基因组分析，将其分为致病性、可能的机会性和共生型，以确定新的候选毒力相关基因(Vags)。利用卡方检验和套索回归模型，发现与猪链霉菌P1/7株系对应的3个副基因SSU_RS09525、SSU_RS09155和SSU_RS03100(>；95%的同源性)与致病型显著相关。新的SSU_RS09525 + /SSU_RS09155 + /SSU_RS03100 + genotype鉴定了96%的致病菌株，为预测北美猪链球菌的致病力提供了一种新的基因分型方案。此外，携带抗菌素耐药基因(ARGs)和Vags的移动遗传元件被发现，但似乎在ARGs和Vags的传播中没有发挥主要作用。网上版载有补充材料，可在10.1186/s13567-022-01039-8查阅。
Streptococcus suis is a significant economic and welfare concern in the swine industry. Pan-genome analysis provides an in-silico approach for the discovery of genes involved in pathogenesis in bacterial pathogens. In this study, we performed pan-genome analysis of 208 S. suis isolates classified into the pathogenic, possibly opportunistic, and commensal pathotypes to identify novel candidate virulence-associated genes (VAGs) of S. suis. Using chi-square tests and LASSO regression models, three accessory pan-genes corresponding to S. suis strain P1/7 markers SSU_RS09525, SSU_RS09155, and SSU_RS03100 (>95% identity) were identified as having a significant association with the pathogenic pathotype. The proposed novel SSU_RS09525 + /SSU_RS09155 + /SSU_RS03100 + genotype identified 96% of the pathogenic pathotype strains, suggesting a novel genotyping scheme for predicting the pathogenicity of S. suis isolates in North America. In addition, mobile genetic elements carrying antimicrobial resistance genes (ARGs) and VAGs were identified but did not appear to play a major role in the spread of ARGs and VAGs. The online version contains supplementary material available at 10.1186/s13567-022-01039-8.
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影响因子：
3.7
作者：
Chen C;Tang J;Dong W;Wang C;Feng Y;Wang J;Zheng F;Pan X;Liu D;Li M;Song Y;Zhu X;Sun H;Feng T;Guo Z;Ju A;Ge J;Dong Y;Sun W;Jiang Y;Wang J;Yan J;Yang H;Wang X;Gao GF;Yang R;Wang J;Yu J
通讯作者：
Yu J
影响因子：
1.5
作者：
CANTIN, M;HAREL, J;GOTTSCHALK, M
通讯作者：
GOTTSCHALK, M
影响因子：
9.4
作者：
ARENDS, JP;HARTWIG, N;ZANEN, HC
通讯作者：
ZANEN, HC
DOI：
10.1186/2042-5783-3-2
发表时间：
2013-04-10
期刊：
Microbial informatics and experimentation
影响因子：
--
作者：
Edwards DJ;Holt KE
通讯作者：
Holt KE
影响因子：
11.8
作者：
Fittipaldi N;Xu J;Lacouture S;Tharavichitkul P;Osaki M;Sekizaki T;Takamatsu D;Gottschalk M
通讯作者：
Gottschalk M