MATCHER: manifold alignment reveals correspondence between single cell transcriptome and epigenome dynamics.
MATCHER: manifold alignment reveals correspondence between single cell transcriptome and epigenome dynamics.
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DOI：
10.1186/s13059-017-1269-0
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发表时间：
2017-07-24
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Prins JF
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Welch JD;Hartemink AJ;Prins JF
单细胞实验技术揭示了细胞之间的转录组和表观遗传异质性，但这些是如何相关的尚不清楚。我们提出了MATCHER，一种用于集成多种类型的单细胞测量的方法。MATCHER使用多种比对来从对相同类型的不同细胞进行的转录组学和表观遗传学测量推断单细胞多组学概况。使用scM&T-seq和sc-GEM数据，我们证实MATCHER准确地预测了DNA甲基化和基因表达之间的真实单细胞相关性，而无需使用已知的细胞对应性。MATCHER还揭示了单个胚胎干细胞和诱导多能干细胞中转录组和表观基因组之间动态相互作用的新见解。本文的在线版本（doi：10.1186/s13059-017-1269-0）包含补充材料，可供授权用户使用。
Single cell experimental techniques reveal transcriptomic and epigenetic heterogeneity among cells, but how these are related is unclear. We present MATCHER, an approach for integrating multiple types of single cell measurements. MATCHER uses manifold alignment to infer single cell multi-omic profiles from transcriptomic and epigenetic measurements performed on different cells of the same type. Using scM&T-seq and sc-GEM data, we confirm that MATCHER accurately predicts true single cell correlations between DNA methylation and gene expression without using known cell correspondences. MATCHER also reveals new insights into the dynamic interplay between the transcriptome and epigenome in single embryonic stem cells and induced pluripotent stem cells. The online version of this article (doi:10.1186/s13059-017-1269-0) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btr064
发表时间：
2011-04-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Grant CE;Bailey TL;Noble WS
通讯作者：
Noble WS
影响因子：
48
作者：
Angermueller C;Clark SJ;Lee HJ;Macaulay IC;Teng MJ;Hu TX;Krueger F;Smallwood S;Ponting CP;Voet T;Kelsey G;Stegle O;Reik W
通讯作者：
Reik W
影响因子：
17.3
作者：
Bock C;Farlik M;Sheffield NC
通讯作者：
Sheffield NC
影响因子：
30.8
作者：
Corces, M. Ryan;Buenrostro, Jason D.;Wu, Beijing;Greenside, Peyton G.;Chan, Steven M.;Koenig, Julie L.;Snyder, Michael P.;Pritchard, Jonathan K.;Kundaje, Anshul;Gkeenleaf, William J.;Majeti, Ravindra;Chang, Howard Y.
通讯作者：
Chang, Howard Y.
单细胞染色质可及性揭示了调节变化的原理。
影响因子：
64.8
作者：
Buenrostro JD;Wu B;Litzenburger UM;Ruff D;Gonzales ML;Snyder MP;Chang HY;Greenleaf WJ
通讯作者：
Greenleaf WJ