Unraveling selection in the mitochondrial genome of Drosophila.
Unraveling selection in the mitochondrial genome of Drosophila.
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解开果蝇线粒体基因组的选择。
DOI：
10.1093/genetics/138.3.757
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发表时间：
1994
期刊：
影响因子：
3.3
通讯作者：
Kreitman,M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ballard,JW;Kreitman,M
我们研究线粒体DNA的细胞色素B基因座内和三个物种之间的果蝇，以确定是否符合中性分子进化的预测模式的变化。测定了黑腹果蝇16个品系、拟果蝇18个品系和屋巴果蝇13个品系的细胞色素B基因座全长1137-bp的序列。根据几个检验标准，变异模式偏离中性。对进化时钟假说的分析表明，沿着沿着D的变化率不相等。simulans lineages.种内和种间氨基酸置换变化与同义变化的比率的比较揭示了与中性预测相比氨基酸置换多态性相对过量，提示轻微有害或多样化选择。在我们的世界范围的D.黑腹果蝇D. simulans等位基因，以及D.模拟，指示选择性扫描。此外，密码子使用的中性测试表明，在基因树的不同拓扑区域之间的第三位置的突变方向不同。分析表明，mtDNA的分子变异和进化是由许多相同的选择力，已被证明是控制核基因组进化，并建议谨慎使用mtDNA作为一个“中性”分子标记。
We examine mitochondrial DNA variation at the cytochrome b locus within and between three species of Drosophila to determine whether patterns of variation conform to the predictions of neutral molecular evolution. The entire 1137-bp cytochrome b locus was sequenced in 16 lines of Drosophila melanogaster, 18 lines of Drosophila simulans and 13 lines of Drosophila yakuba. Patterns of variation depart from neutrality by several test criteria. Analysis of the evolutionary clock hypothesis shows unequal rates of change along D. simulans lineages. A comparison within and between species of the ratio of amino acid replacement change to synonymous change reveals a relative excess of amino acid replacement polymorphism compared to the neutral prediction, suggestive of slightly deleterious or diversifying selection. There is evidence for excess homozygosity in our world wide sample of D. melanogaster and D. simulans alleles, as well as a reduction in the number of segregating sites in D. simulans, indicative of selective sweeps. Furthermore, a test of neutrality for codon usage shows the direction of mutations at third positions differs among different topological regions of the gene tree. The analyses indicate that molecular variation and evolution of mtDNA are governed by many of the same selective forces that have been shown to govern nuclear genome evolution and suggest caution be taken in the use of mtDNA as a "neutral" molecular marker.
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