InterPro in 2017-beyond protein family and domain annotations.
InterPro in 2017-beyond protein family and domain annotations.
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DOI：
10.1093/nar/gkw1107
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发表时间：
2017-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Mitchell AL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Finn RD;Attwood TK;Babbitt PC;Bateman A;Bork P;Bridge AJ;Chang HY;Dosztányi Z;El-Gebali S;Fraser M;Gough J;Haft D;Holliday GL;Huang H;Huang X;Letunic I;Lopez R;Lu S;Marchler-Bauer A;Mi H;Mistry J;Natale DA;Necci M;Nuka G;Orengo CA;Park Y;Pesseat S;Piovesan D;Potter SC;Rawlings ND;Redaschi N;Richardson L;Rivoire C;Sangrador-Vegas A;Sigrist C;Sillitoe I;Smithers B;Squizzato S;Sutton G;Thanki N;Thomas PD;Tosatto SC;Wu CH;Xenarios I;Yeh LS;Young SY;Mitchell AL
InterPro(http://www.ebi.ac.uk/interpro/))是一个免费提供的数据库，用于将蛋白质序列分类为家族，并预测重要结构域和位点的存在。InterProScan是一款底层软件，它允许根据InterPro的预测模型搜索蛋白质和核酸序列，这些模型是由InterPro的成员数据库提供的。在这里，我们报告了InterPro及其相关软件的最新发展，包括添加了两个新的数据库(SFLD和CDD)，以及包括残基水平注释和内在紊乱预测的功能。这些发展丰富了InterPro提供的注释，增加了注释的残基总数，并允许进行更具体的功能推断。
InterPro (http://www.ebi.ac.uk/interpro/) is a freely available database used to classify protein sequences into families and to predict the presence of important domains and sites. InterProScan is the underlying software that allows both protein and nucleic acid sequences to be searched against InterPro's predictive models, which are provided by its member databases. Here, we report recent developments with InterPro and its associated software, including the addition of two new databases (SFLD and CDD), and the functionality to include residue-level annotation and prediction of intrinsic disorder. These developments enrich the annotations provided by InterPro, increase the overall number of residues annotated and allow more specific functional inferences.
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影响因子：
17.3
作者：
Galperin, Michael Y.;Koonin, Eugene V.
通讯作者：
Koonin, Eugene V.
影响因子：
14.9
作者：
Haft DH;Selengut JD;Richter RA;Harkins D;Basu MK;Beck E
通讯作者：
Beck E
影响因子：
14.9
作者：
Caspi R;Billington R;Ferrer L;Foerster H;Fulcher CA;Keseler IM;Kothari A;Krummenacker M;Latendresse M;Mueller LA;Ong Q;Paley S;Subhraveti P;Weaver DS;Karp PD
通讯作者：
Karp PD
DOI：
10.1093/database/bas019
发表时间：
2012
期刊：
Database : the journal of biological databases and curation
影响因子：
--
作者：
Attwood TK;Coletta A;Muirhead G;Pavlopoulou A;Philippou PB;Popov I;Romá-Mateo C;Theodosiou A;Mitchell AL
通讯作者：
Mitchell AL
影响因子：
14.9
作者：
Klimke W;Agarwala R;Badretdin A;Chetvernin S;Ciufo S;Fedorov B;Kiryutin B;O'Neill K;Resch W;Resenchuk S;Schafer S;Tolstoy I;Tatusova T
通讯作者：
Tatusova T