Complete genomic sequence of tea-oil camellia deltapartitivirus 1, a novel virus from Camellia oleifera
Complete genomic sequence of tea-oil camellia deltapartitivirus 1, a novel virus from Camellia oleifera
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茶油茶 deltapartitivirus 1 的完整基因组序列，一种来自油茶的新型病毒
DOI：
10.1007/s00705-019-04429-0
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发表时间：
2019-10
影响因子：
2.7
通讯作者：
Li R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wu L P;Du Y M;Xiao H;Peng L;Li R
通过高通量测序分析，在油茶植株中发现了3个病毒重叠群序列，它们代表了一种新病毒的完整基因组，包含3个dsRNA，分别为1，712 nt（dsRNA 1）、1，504 nt（dsRNA 2）和1，353 nt（dsRNA 3）。通过RT-PCR克隆对这三种dsRNA进行重新测序。最大的dsRNA，dsRNA 1，有一个开放的阅读框（ORF），编码一个推定的52.7 kDa的蛋白质的推定病毒RNA依赖的RNA聚合酶（RdRp）。dsRNA 2和dsRNA 3分别编码40.47 kDa和40.59 kDa的衣壳蛋白。在RdRp上与Deltapartivirus属病毒的氨基酸序列同源性为36.09-69.18%，暂定名为“茶油茶病毒1号”。基于RdRp的系统发育分析也将新病毒和其他Deltapartivirus放在一起，表明该病毒应被视为Deltapartivirus属的新成员。
Three viral contig sequences, which represented complete genome of a novel virus with three dsRNAs of 1,712 nucleotides (nt) (dsRNA1), 1,504 nt (dsRNA2) and 1,353 nt (dsRNA3), were found in tea-oil camellia plants by high-throughput sequencing analysis. The three dsRNAs were re-sequenced by RT-PCR cloning. The largest dsRNA, dsRNA1, had a single open reading frame (ORF) that encoded a putative 52.7-kDa protein of a putative viral RNA-dependent RNA polymerase (RdRp). DsRNA2 and dsRNA3 were predicted to encode putative capsid proteins (CPs) of 40.47 kDa and 40.59 kDa, respectively. The virus, which is provisionally named “tea-oil camellia deltapartitivirus 1”, shared amino acid sequence itentities of 36.09-69.18% with members of the genus Deltapartitivirus on RdRp. Phylogenetic analysis based on RdRp also placed the new virus and other deltapartitiviruses together in a group, suggesting that this virus should be considered a new member of the genus Deltapartitivirus.
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DOI：
10.3390/v7082829
发表时间：
2015-08-06
期刊：
Viruses
影响因子：
--
作者：
Ferrer-Orta C;Ferrero D;Verdaguer N
通讯作者：
Verdaguer N
DOI：
10.1099/jgv.0.000985
发表时间：
2018-01
期刊：
The Journal of general virology
影响因子：
--
作者：
Vainio EJ;Chiba S;Ghabrial SA;Maiss E;Roossinck M;Sabanadzovic S;Suzuki N;Xie J;Nibert M;Ictv Report Consortium
通讯作者：
Ictv Report Consortium
影响因子：
1.6
作者：
Tzanetakis, Ioannis E.;Price, Ruth;Martin, Robert R.
通讯作者：
Martin, Robert R.
影响因子：
2.2
作者：
S. Sabanadzovic;N. A. Ghanem-Sabanadzovic
通讯作者：
S. Sabanadzovic;N. A. Ghanem-Sabanadzovic
影响因子：
3.7
作者：
Kumar S;Subbarao BL;Kumari R;Hallan V
通讯作者：
Hallan V