Critical Assessment of MetaProteome Investigation (CAMPI): a multi-laboratory comparison of established workflows.
Critical Assessment of MetaProteome Investigation (CAMPI): a multi-laboratory comparison of established workflows.
复制标题
元蛋白质组研究的关键评估（CAMPI）：建立工作流程的多实验室比较。
DOI：
10.1038/s41467-021-27542-8
复制
发表时间：
2021-12-15
影响因子：
16.6
通讯作者：
Muth T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Van Den Bossche T;Kunath BJ;Schallert K;Schäpe SS;Abraham PE;Armengaud J;Arntzen MØ;Bassignani A;Benndorf D;Fuchs S;Giannone RJ;Griffin TJ;Hagen LH;Halder R;Henry C;Hettich RL;Heyer R;Jagtap P;Jehmlich N;Jensen M;Juste C;Kleiner M;Langella O;Lehmann T;Leith E;May P;Mesuere B;Miotello G;Peters SL;Pible O;Queiros PT;Reichl U;Renard BY;Schiebenhoefer H;Sczyrba A;Tanca A;Trappe K;Trezzi JP;Uzzau S;Verschaffelt P;von Bergen M;Wilmes P;Wolf M;Martens L;Muth T
元蛋白质组学已经发展成为评估微生物群落功能相互作用的有力工具。虽然有许多元蛋白质组学工作流程可用，但方法选择对结果的影响仍不清楚。在这里，我们进行了一个社区驱动的，多实验室比较的元蛋白质组学：关键评估的元蛋白质组调查研究（CAMPI）。基于完善的工作流程，我们使用两种样品评估样品制备、质谱和生物信息学分析的效果：简化的实验室组装的人类肠道模型和人类粪便样品。我们观察到肽水平的变异性主要是由于样品处理工作流程，生物信息学管道的贡献较小。这些肽水平的差异在蛋白质组水平上基本消失。虽然观察到预测的社区组成的差异，但在不同的工作流程中获得了类似的功能配置文件。CAMPI展示了当今元蛋白质组学研究的稳健性，作为元蛋白质组学多实验室研究的模板，并为基准未来的发展提供公开可用的数据集。作者介绍了CAMPI，这是一个大规模的多实验室比较不同的元蛋白质组学工作流程。CAMPI提供了对当前方法的鲁棒性的见解，建议进一步改进该领域，并可能为未来社区驱动的元蛋白质组学项目铺平道路。
Metaproteomics has matured into a powerful tool to assess functional interactions in microbial communities. While many metaproteomic workflows are available, the impact of method choice on results remains unclear. Here, we carry out a community-driven, multi-laboratory comparison in metaproteomics: the critical assessment of metaproteome investigation study (CAMPI). Based on well-established workflows, we evaluate the effect of sample preparation, mass spectrometry, and bioinformatic analysis using two samples: a simplified, laboratory-assembled human intestinal model and a human fecal sample. We observe that variability at the peptide level is predominantly due to sample processing workflows, with a smaller contribution of bioinformatic pipelines. These peptide-level differences largely disappear at the protein group level. While differences are observed for predicted community composition, similar functional profiles are obtained across workflows. CAMPI demonstrates the robustness of present-day metaproteomics research, serves as a template for multi-laboratory studies in metaproteomics, and provides publicly available data sets for benchmarking future developments. The authors present CAMPI, a large-scale multi-lab comparison of diverse metaproteomics workflows. CAMPI provides insights into the robustness of current methods, suggests further improvements to the field, and may pave the way for future community-driven metaproteomics projects.
登录
查看更多内容
影响因子：
10.7
作者：
Huerta-Cepas J;Forslund K;Coelho LP;Szklarczyk D;Jensen LJ;von Mering C;Bork P
通讯作者：
Bork P
影响因子：
15.5
作者：
Heyer, R.;Schallert, K.;Reichl, U.
通讯作者：
Reichl, U.
影响因子：
5.7
作者：
Heyer R;Kohrs F;Reichl U;Benndorf D
通讯作者：
Benndorf D
影响因子：
3.7
作者：
Erickson AR;Cantarel BL;Lamendella R;Darzi Y;Mongodin EF;Pan C;Shah M;Halfvarson J;Tysk C;Henrissat B;Raes J;Verberkmoes NC;Fraser CM;Hettich RL;Jansson JK
通讯作者：
Jansson JK
影响因子：
4.4
作者：
Gurdeep Singh, Robbert;Tanca, Alessandro;Mesuere, Bart
通讯作者：
Mesuere, Bart