Proteogenomic analysis of human chromosome 9-encoded genes from human samples and lung cancer tissues.
Proteogenomic analysis of human chromosome 9-encoded genes from human samples and lung cancer tissues.
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DOI：
10.1021/pr400792p
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发表时间：
2014-01-03
影响因子：
4.4
通讯作者：
Cho JY
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ahn JM;Kim MS;Kim YI;Jeong SK;Lee HJ;Lee SH;Paik YK;Pandey A;Cho JY
以染色体为中心的人类蛋白质组计划(C-HPP)是最近发起的一项国际合作努力。我们的团队采用了9号染色体(Chr 9)，并进行了生物信息学和蛋白质组学分析，对正常组织、肺癌细胞系和肺癌组织中Chr 9编码的蛋白质进行了分类。大约74.7%的人类基因组Chr 9基因被识别，其中包括大约28%的Chr 9上缺失的蛋白质(162个中的46个)，与neXtProt主表中的缺失蛋白质列表(2013-09)相比，该基因包括大约28%的缺失蛋白质。此外，我们还对正常肺组织和肺癌组织进行了蛋白质组学比较分析。根据数据分析，仅在肺癌组织中检测到15个Chr9蛋白。最后，我们进行了蛋白质组学分析，发现了宇宙癌症突变数据库中描述的Chr9驻留单核苷酸多态(SNP)和突变。我们从正常人细胞/组织和肺癌细胞系中分别检测到21个SNPs和4个Chr-9上含有多肽的突变。总之，这项研究作为C-HPP的一部分，为科学界提供了有价值的人类蛋白质组信息。质谱学蛋白质组学数据已与数据集标识符PXD一起存放到ProteomeXchange联合体。
The Chromosome-centric Human Proteome Project (C-HPP) was recently initiated as an international collaborative effort. Our team adopted chromosome 9 (Chr 9) and performed a bioinformatics and proteogenomic analysis to catalog Chr 9-encoded proteins from normal tissues, lung cancer cell lines and lung cancer tissues. Approximately 74.7% of the Chr 9 genes of the human genome were identified, which included approximately 28% of missing proteins (46 of 162) on Chr 9 compared with the list of missing proteins from the neXtProt master table (2013-09). In addition, we performed a comparative proteomics analysis between normal lung and lung cancer tissues. Based on the data analysis, 15 proteins from Chr 9 were detected only in lung cancer tissues. Finally, we conducted a proteogenomic analysis to discover Chr 9-residing single nucleotide polymorphisms (SNP) and mutations described in the COSMIC cancer mutation database. We identified 21 SNPs and 4 mutations containing peptides on Chr 9 from normal human cells/tissues and lung cancer cell lines, respectively. In summary, this study provides valuable information of the human proteome for the scientific community as part of C-HPP. The mass spectrometry proteomics data have been deposited to the ProteomeXchange Consortium with the data set identifier PXD.
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