The UCSC Genome Browser database: 2017 update.
The UCSC Genome Browser database: 2017 update.
复制标题
DOI：
10.1093/nar/gkw1134
复制
发表时间：
2017-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Kent WJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tyner C;Barber GP;Casper J;Clawson H;Diekhans M;Eisenhart C;Fischer CM;Gibson D;Gonzalez JN;Guruvadoo L;Haeussler M;Heitner S;Hinrichs AS;Karolchik D;Lee BT;Lee CM;Nejad P;Raney BJ;Rosenbloom KR;Speir ML;Villarreal C;Vivian J;Zweig AS;Haussler D;Kuhn RM;Kent WJ
自2001年首次亮相以来，加州大学圣克鲁斯分校（UCSC）基因组浏览器（http：//genome.ucsc.edu/）团队通过基于网络的开源平台为国际基因组学和生物医学界提供了持续的支持，该平台旨在快速、可扩展地显示序列比对和注释，这些比对和注释是根据大量优质参考基因组组装而设计的。浏览器的公开访问数据库是丰富的集成生物信息学工具套件的支柱，该工具套件包括用于数据查询和下载的图形界面、比对程序、命令行实用程序等。今年的亮点包括新设计的主页和网关页面;用于仅外显子、仅基因和自定义区域可视化的新“多区域”轨迹显示配置;用于三个物种的新基因组浏览器（棕猕猴桃、食蟹猕猴和马来飞狐猴）; 8个更新的基因组组装;扩展对新数据类型的支持，如CRAM、RNA-seq表达数据和长距离染色质相互作用对;并在日本推出了一个新的支持镜像站点。
Since its 2001 debut, the University of California, Santa Cruz (UCSC) Genome Browser (http://genome.ucsc.edu/) team has provided continuous support to the international genomics and biomedical communities through a web-based, open source platform designed for the fast, scalable display of sequence alignments and annotations landscaped against a vast collection of quality reference genome assemblies. The browser's publicly accessible databases are the backbone of a rich, integrated bioinformatics tool suite that includes a graphical interface for data queries and downloads, alignment programs, command-line utilities and more. This year's highlights include newly designed home and gateway pages; a new ‘multi-region’ track display configuration for exon-only, gene-only and custom regions visualization; new genome browsers for three species (brown kiwi, crab-eating macaque and Malayan flying lemur); eight updated genome assemblies; extended support for new data types such as CRAM, RNA-seq expression data and long-range chromatin interaction pairs; and the unveiling of a new supported mirror site in Japan.
登录
查看更多内容
影响因子：
14.9
作者：
Howe KL;Bolt BJ;Cain S;Chan J;Chen WJ;Davis P;Done J;Down T;Gao S;Grove C;Harris TW;Kishore R;Lee R;Lomax J;Li Y;Muller HM;Nakamura C;Nuin P;Paulini M;Raciti D;Schindelman G;Stanley E;Tuli MA;Van Auken K;Wang D;Wang X;Williams G;Wright A;Yook K;Berriman M;Kersey P;Schedl T;Stein L;Sternberg PW
通讯作者：
Sternberg PW
影响因子：
14.9
作者：
Clark K;Karsch-Mizrachi I;Lipman DJ;Ostell J;Sayers EW
通讯作者：
Sayers EW
影响因子：
7
作者：
Harrow J;Frankish A;Gonzalez JM;Tapanari E;Diekhans M;Kokocinski F;Aken BL;Barrell D;Zadissa A;Searle S;Barnes I;Bignell A;Boychenko V;Hunt T;Kay M;Mukherjee G;Rajan J;Despacio-Reyes G;Saunders G;Steward C;Harte R;Lin M;Howald C;Tanzer A;Derrien T;Chrast J;Walters N;Balasubramanian S;Pei B;Tress M;Rodriguez JM;Ezkurdia I;van Baren J;Brent M;Haussler D;Kellis M;Valencia A;Reymond A;Gerstein M;Guigó R;Hubbard TJ
通讯作者：
Hubbard TJ
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu712
发表时间：
2015-03-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Haeussler M;Raney BJ;Hinrichs AS;Clawson H;Zweig AS;Karolchik D;Casper J;Speir ML;Haussler D;Kent WJ
通讯作者：
Kent WJ
影响因子：
10.5
作者：
Cabili, Moran N.;Trapnell, Cole;Rinn, John L.
通讯作者：
Rinn, John L.