GeneCAT--novel webtools that combine BLAST and co-expression analyses.
GeneCAT--novel webtools that combine BLAST and co-expression analyses.
复制标题
结合BLAST和共表达分析的基因 - 网络工具。
DOI：
10.1093/nar/gkn292
复制
发表时间：
2008-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Persson, Staffan
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mutwil, Marek;Obro, Jens;Willats, William G. T.;Persson, Staffan
基因共表达分析工具箱（GeneCAT）介绍了几种新的微阵列数据分析工具。首先，多基因共表达分析与共表达基因网络相结合，提供了比标准的单基因共表达分析更强大的数据挖掘技术。其次，高通量Map-O-Matic工具将多个查询基因的共表达模式与用户定义的子数据库中存在的基因相匹配，因此可以用于正向遗传筛选中的基因定位。第三，Rosetta将共表达分析与BLAST相结合，可用于在植物模式生物拟南芥和大麦（大麦）中找到“真正的”基因直系同源物。GeneCAT配备有模型植物A的表达数据。thaliana，并首次为单子叶植物大麦引入共表达挖掘工具。GeneCAT可在http://genecat.mpg.de上获得
The gene co-expression analysis toolbox (GeneCAT) introduces several novel microarray data analyzing tools. First, the multigene co-expression analysis, combined with co-expressed gene networks, provides a more powerful data mining technique than standard, single-gene co-expression analysis. Second, the high-throughput Map-O-Matic tool matches co-expression pattern of multiple query genes to genes present in user-defined subdatabases, and can therefore be used for gene mapping in forward genetic screens. Third, Rosetta combines co-expression analysis with BLAST and can be used to find ‘true’ gene orthologs in the plant model organisms Arabidopsis thaliana and Hordeum vulgare (Barley). GeneCAT is equipped with expression data for the model plant A. thaliana, and first to introduce co-expression mining tools for the monocot Barley. GeneCAT is available at http://genecat.mpg.de
登录
查看更多内容
影响因子：
7.2
作者：
Cooke, R;Raynal, M;Delseny, M
通讯作者：
Delseny, M
影响因子：
7.2
作者：
Toufighi, K;Brady, SM;Provart, NJ
通讯作者：
Provart, NJ
影响因子：
7.4
作者：
Burton, RA;Shirley, NJ;Fincher, GB
通讯作者：
Fincher, GB
DOI：
10.1073/pnas.0706569104
发表时间：
2007-09-25
影响因子：
11.1
作者：
Desprez, Thierry;Juraniec, Michal;Vernhettes, Samantha
通讯作者：
Vernhettes, Samantha
影响因子：
5.8
作者：
Steinhauser, D;Usadel, B;Kopka, J
通讯作者：
Kopka, J