Multiplex enzymatic synthesis of DNA with single-base resolution.
Multiplex enzymatic synthesis of DNA with single-base resolution.
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DOI：
10.1126/sciadv.adi0263
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发表时间：
2023-07-07
期刊：
影响因子：
13.6
通讯作者：
Horgan, Adrian
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Verardo, Damiano;Adelizzi, Beatrice;Rodriguez-Pinzon, Daniel A.;Moghaddam, Nicolas;Thomee, Emma;Loman, Tessa;Godron, Xavier;Horgan, Adrian
酶促DNA合成（EDS）是一种有前途的台式和用户友好的核酸合成方法，其使用温和的水性条件和酶代替溶剂和亚磷酰胺。对于需要具有高序列多样性的寡聚物池或阵列的蛋白质工程和空间转录组学等应用，EDS方法需要进行调整，并且合成过程中的某些步骤在空间上解耦。在这里，我们使用了一个合成循环，包括第一步的位点特异性硅微机电系统喷墨分配的末端脱氧核苷酸转移酶和3 '封闭的核苷酸，和第二步的大量载玻片清洗，以消除3'封闭基团。通过在具有固定的DNA引物的基底上重复该循环，我们表明核酸序列和长度的微尺度空间控制是可能的，这在这里通过杂交和凝胶电泳进行测定。这项工作是独特的酶促合成DNA在一个高度平行的方式与单碱基控制。空间酶介导的核苷酸添加到固定的DNA引物允许在玻璃基板上的DNA微阵列的制造。
Enzymatic DNA synthesis (EDS) is a promising benchtop and user-friendly method of nucleic acid synthesis that, instead of solvents and phosphoramidites, uses mild aqueous conditions and enzymes. For applications such as protein engineering and spatial transcriptomics that require either oligo pools or arrays with high sequence diversity, the EDS method needs to be adapted and certain steps in the synthesis process spatially decoupled. Here, we have used a synthesis cycle comprising a first step of site-specific silicon microelectromechanical system inkjet dispensing of terminal deoxynucleotidyl transferase enzyme and 3′ blocked nucleotide, and a second step of bulk slide washing to remove the 3′ blocking group. By repeating the cycle on a substrate with an immobilized DNA primer, we show that microscale spatial control of nucleic acid sequence and length is possible, which, here, are assayed by hybridization and gel electrophoresis. This work is distinctive for enzymatically synthesizing DNA in a highly parallel manner with single base control. Spatial enzyme-mediated nucleotide addition to immobilized DNA primers permits fabrication of DNA microarrays on glass substrates.
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影响因子：
3.7
作者：
An R;Jia Y;Wan B;Zhang Y;Dong P;Li J;Liang X
通讯作者：
Liang X
影响因子：
4.7
作者：
Hoff, Kendall;Halpain, Michelle;Zhou, Wei
通讯作者：
Zhou, Wei
影响因子：
4.6
作者：
Biswas, Tuser T.;Yu, Junchun;Nierstrasz, Vincent A.
通讯作者：
Nierstrasz, Vincent A.
DOI：
10.1073/pnas.0908463107
发表时间：
2010-02-02
影响因子：
11.1
作者：
Chen, Fei;Gaucher, Eric A.;Benner, Steven A.
通讯作者：
Benner, Steven A.
影响因子：
4.6
作者：
Di Risio, Sabina;Yan, Ning
通讯作者：
Yan, Ning