Testing a Newly Developed Molecular Genetic Methodology for use in Comparative Biology: TAPS

测试新开发的分子遗传学方法用于比较生物学:TAPS

基本信息

  • 批准号:
    9510733
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 2.51万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    美国
  • 项目类别:
    Standard Grant
  • 财政年份:
    1995
  • 资助国家:
    美国
  • 起止时间:
    1995-09-01 至 1997-12-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

9510733 Densmore This research will evaluate a method for using cDNA fragments from protein coding genes as a (largely untapped) measure of genetic variation, and will begin to determine the scope of its application to evolutionary biology. The technique, named Transcribed Amplified Polymorphic Sequences (TAPS), will use 12 different "anchoring" primers (oligo dT12 + 2 other deoxy bases) to rescue essentially the entire population of mRNAs from total poly A(() RNA by reverse transcription into cDNAs. The polymerase chain reaction (PCR) is then used to synthesize a single double-stranded cDNA fragment from each single-stranded cDNA by using a short randomly amplified or consensus sequence primer with the same anchoring primer (radiolabelled with 32p) used to rescue the subpopulation of mRNAs. PCR amplification between these two primers produces one radiolabelled cDNA fragment per mRNA (provided there is a cDNA sequence complementary to the short random primer). Multiple cDNA fragments, which correspond to different mRNAs that were rescued by a specific anchoring primer and amplified by PCR, are resolved by gel electrophoresis and detected by autoradiography. Additional PCR reactions using different short primers with the same anchoring primer will yield additional mRNA-specific cDNA fragments, while additional anchoring primers allow other subpopulation of cDNAs to be tested. This study will determine whether the inheritance of individual-, lineage-, or species-specific cDNA fragments can be demonstrated by the TAPS technique, and will begin to assess the utility of this method for quantitative analysis of genetic variation in populations. %%% This research will evaluate a method called Transcribed Amplified Polymorphic Sequences (TAPS) for analyzing DNA fragments from protein coding genes as a (largely untapped) measure of genetic variation, and will begin to determine the scope of its application to evolutionary biology. The study will determine whether the inheritance or individual- , lineage-, or species-specific DNA fragments can be demonstrated by the TAPS technique, and will begin to assess the utility of this method for quantitative analysis of genetic variation in populations. ***
9510733 Densmore 这项研究将评估一种使用蛋白质编码基因的 cDNA 片段作为遗传变异测量(基本上尚未开发)的方法,并将开始确定其在进化生物学中的应用范围。 该技术名为转录扩增多态性序列 (TAPS),将使用 12 种不同的“锚定”引物(寡聚 dT12 + 2 个其他脱氧碱基),通过逆转录为 cDNA,从总聚 A(() RNA 中拯救基本上整个 mRNA 群体。然后使用聚合酶链式反应 (PCR) 从每个单链合成单个双链 cDNA 片段 通过使用短的随机扩增或共有序列引物以及用于拯救 mRNA 亚群的相同锚定引物(放射性标记为 32p)来获得 cDNA。 这两个引物之间的 PCR 扩增为每个 mRNA 产生一个放射性标记的 cDNA 片段(前提是存在与短随机引物互补的 cDNA 序列)。 多个 cDNA 片段,对应于通过特定锚定拯救的不同 mRNA 引物并通过 PCR 扩增,通过凝胶电泳解析并通过放射自显影检测。 使用不同的短引物和相同的锚定引物进行额外的 PCR 反应将产生额外的 mRNA 特异性 cDNA 片段,而额外的锚定引物允许测试其他 cDNA 亚群。 这项研究将确定个体、谱系或物种特异性 cDNA 片段的遗传是否可以通过 TAPS 来证明 技术,并将开始评估该方法在群体遗传变异定量分析中的实用性。 %%% 这项研究将评估一种称为转录扩增多态性序列 (TAPS) 的方法,用于分析蛋白质编码基因的 DNA 片段,作为遗传变异的(很大程度上尚未开发的)测量方法,并将开始确定其在进化生物学中的应用范围。 该研究将确定遗传或个人是否 、谱系或物种特异性 DNA 片段可以通过 TAPS 技术来证明,并将开始评估该方法在群体遗传变异定量分析中的实用性。 ***

项目成果

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