Viral infections as controlling factor of the deep biosphere

病毒感染作为深层生物圈的控制因素

基本信息

项目摘要

Viruses might be the main “predators” in the deep biosphere and possibly have a major impact on indigenous microorganisms in providing labile organic compounds for this extremly nutrient depleted habitat. While direct counting of viruses along depth profiles of various ODP sites indicated a general decrease with depth, we could show that the ratio of viruses vs. cells increased. Prophages were induced from six out of thirteen representative deep-biosphere bacteria of our ODP Leg 201 culture collection, exhibiting different morphotypes of sypho- and myoviruses. Five of them were subjected to whole genome sequencing. This sequence information will be used to design specific primers for a molecular detection and quantification of these phages in the deep biosphere. Especially the number and distribution of phages that infect Rhizobium radiobacter, which is highly abundant in subsurface sediments, will be examined. We will further focus on the following questions: How important is the viral shunt in providing essential nutrients for deep biosphere populations? How is the physiological state of indigenous microorganisms related to viral infections?
病毒可能是深层生物圈中的主要“捕食者”,并可能对本土微生物产生重大影响,为这个营养极度匮乏的栖息地提供不稳定的有机化合物。虽然沿着各个 ODP 位点的深度剖面直接计数病毒表明病毒总体随深度减少,但我们可以表明病毒与细胞的比率增加。原噬菌体是从我们的 ODP Leg 201 培养物保藏中 13 种具有代表性的深层生物圈细菌中的 6 种诱导而来,表现出不同形态的梅毒病毒和肌病毒。其中五个接受了全基因组测序。该序列信息将用于设计特异性引物,以对深层生物圈中的这些噬菌体进行分子检测和定量。特别是感染放射根瘤菌的噬菌体的数量和分布,放射根瘤菌在地下沉积物中含量很高,将受到检查。我们将进一步关注以下问题:病毒分流在为深层生物圈种群提供必需营养方面有多重要?本土微生物的生理状态与病毒感染有何关系?

项目成果

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Biogeography of Rhizobium radiobacter and distribution of associated temperate phages in deep subseafloor sediments
  • DOI:
    10.1038/ismej.2012.92
  • 发表时间:
    2013-01-01
  • 期刊:
  • 影响因子:
    11
  • 作者:
    Engelhardt, Tim;Sahlberg, Monika;Engelen, Bert
  • 通讯作者:
    Engelen, Bert
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